生物信息学实验一.ppt

生物信息学实验 实验纪律 1、遵守计算机实验室的规章制度 2、上课时间严禁打游戏、聊天及浏览与课程内容无关的网页。 3、不得迟到、不得带食物进入实验室 实验一 生物信息学数据库及信息检索 一：实验目的 1：了解NCBI、EMBL、SWISS-PROT、PDB数据库。 2：了解NCBI、EMBL数据库的检索系统ENTREZ、SRS，并掌握文献、序列的快速高效检索方法。 一：实验目的 3：熟悉GenBank数据库序列格式及其主要字段的含义； 4．了解EBML数据库序列格式及其主要字段的含义； 5．掌握对GenBank数据库里的序列进行FASTA序列格式的显示与保存。 二：实验内容及操作步骤 1.登陆NCBI、EMBL、SWISS-PROT、PDB数据库主页，打开数据库的SITE MAP页面，了解各数据库的结构和主要内容。 网址:NCBI: EMBL:www.ebi.ac.uk SWISS-PROT: /sprot/ PDB: /pdb/ 二：实验内容及操作步骤 2. 使用Entrez信息查询系统检索文献，并阅读感兴趣文献的摘要或全文。 2.1调用Internet浏览器并在其地址栏输入Entrez网址(/Entrez) 进入NCBI主页 进入Entrez Home页面 选择pubmed文献数据库 在Search后的输入栏中选择Pubmed 在输入栏内输入关键词Avian Influenza/Bird Flu 点击go查询。统计查询结果，并阅读感兴趣文献的摘要或全文。 二：实验内容及操作步骤 练习使用AND, OR, BUT逻辑词来限定关键词，如Bird Flu AND human cases 等查询人感染禽流感的相关记录，比较查询结果。 2.2 学习使用limits等限制字段查询方式，检索与禽流感相关的文献，并统计检索结果。比较不同检索方式的查询效率。 二：实验内容及操作步骤 2.2.1进入Entrez Home页面 选择Pubmed文献数据库 点击limits，进入与Pubmed有关的限制字段设置 如选择Title等不同字段，及限制期刊类型，作者等进行查询。 二：实验内容及操作步骤 2.2.2 Preview（搜索结果预览）/Index（索引词表检索）的应用。所谓的索引词表检索是当你选定查询字段并键入检索词如Bird Flu时 点击Index 这时返回一个在该字段中的以“Bird Flu”开始的索引词表窗口，后面括弧中的数字代表包含该索引词的记录条数 选择一个或几个关键词，点击Preview可进行结果的预览 点击Go可获得查询结果。 二：实验内容及操作步骤 2.2.3 点击History，可以看到本次练习结果页面的历史记录。包括所采用的主题词、查询字段范围、花费时间、及相应结果等。 二：实验内容及操作步骤 3.使用Entrez信息查询系统检索与禽流感相关的核酸序列，链接提取其中一条感兴趣的序列内容，阅读序列格式的解释，理解其含义。 进入NCBI主页 进入Entrez Home页面 选择Nucleotide数据库 在Search后的输入栏中选择Nucleotide 在输入栏内输入关键词H5N1 点击go查询。 阅读查询结果，选择一条感兴趣的核酸序列，点击该序列与数据库的超链接，阅读序列格式的解释，理解其含义。 二：实验内容及操作步骤 4.GenBank数据库FASTA序列格式的显示与保存； 以步骤3所获得的感兴趣核酸序列结果页面为例，在显示模式“Display”的下拉菜单中选择一个需要的序列格式如FASTA序列格式，然后点击Display按钮，结果就出现该序列的FASTA格式。 如果需要保存该条序列信息，可以直接通过点击浏览器IE的“文件”菜单中的另存为命令将序列保存到本地计算机；也可以利用Entrez系统自身的保存功能，即点击Send to，选择File,就会出现保存文件相应的窗口，然后按指示操作即可。 二：实验内容及操作步骤 5．使用SRS信息查询系统检索一条核酸序列，链接提取该序列内容，阅读序列格式的解释，理解其含义；比较NCBI与EMBL中序列格式的异同。 调用Internet浏览器并在其地址栏输入SRS网址（http://srs.ebi.ac.uk ），查询自己感兴趣的核酸序列。 三：作业 1、了解NCBI、EMBL和SWISS-PROT数据库的结构和主要内容。 2、找到编码拟南芥（arabidopsis）phyA（光敏色素A）基因的核酸序列编号, 并记录查找过程。 3、以phyA为检索词，在p