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系统科学概论第8讲 复杂生命系统部分研究 纲要 达尔文进化论的问题 遗传算法 NK模型 群集智能——以蚁群智能为例 生命起源问题 米勒(1953)实验 当时为芝加哥大学研究生 Stanley Miller ①原始地球条件： 高温、强紫外线、闪电、火山喷发 ②原始地球大气： 甲烷、氨、水蒸气、氢气，硫化氢等，没有氧气 原始生命形成的过程（化学起源假说） 无机小分子物质 场所:原始大气 米勒实验 （聚合） 有机小分子物质 （组成） 有机高分子物质 演变 （长期相互作用） 多分子体系 原始生命 原 始 海 洋 第一阶段 第二阶段 第三阶段 第四阶段 （合成） 达尔文的自然选择学说 过度繁殖 生存斗争 遗传变异 适者生存 进化的速度与性状多样性问题 生命形式的稳定性和进化速度的不一致性。 分子进化的保守性是指在生物大分子进化的过程中，进化的速度从功能上讲是比较慢的。也就是说由一种生物大分子进化产生具有一种新功能的大分子是比较困难的。尤其是那些对于生物的生存及遗传有着重要作用的分子，在漫长的进化过程中它们的变化很小。 对于分子进化的这些特点，传统进化理论并不能给出很好的理论，因为根据自然选择的观点，外部环境的选择、群体大小、有利变异对环境的适应在进化中起着决定性的作用，这与事实并不相符。 蛋白质 胰RNA酶 溶菌酶 血红蛋白 肌红蛋白 胰岛素 细胞色素C 置换率 2.1 2.0 1.2 0.89 0.44 0.30 构成蛋白质的各种氨基酸平均10亿年的置换率 多样式性状的突现 达尔文认为生命的演化是一个渐进的过程，他深信“自然界无跳跃”，但化石记录显示，生物演化是突变的，过渡物种缺乏化石记录，而主要的动物群又突然出现在化石纪录中（即通常所说的寒武纪生命大爆炸）。 达尔文在《物种起源》里以化石记录不完整为理由，对这个问题搪塞了一下，但终究不能令人满意。1972年，美国自然史博物馆的古生物学家，艾尔德诺基 （Niles Eldredge）和哈佛大学的古尔德（S. J. Gould）提出“间断平衡”理论，认为生物的进化并不像原先认为的那样是一个缓慢的渐变积累过程，而是长期的稳定（甚至不变）与短暂的剧变交替的过程， 在某些时期会出现飞跃式发展的情况，从而在地质记录中留下许多空缺。 达尔文理论还存在其他多个问题 问题的关键在于进化的原动力和机制问题：“自然选择”是进化之源吗，还是进化是生命自身演化的结果？ 遗传算法(Genetic Algorithms) 复杂适应系统的一个现实例子是生物系统：生物适应环境而进化。但是其动力学机制是什么？对于人们解决问题又有什么启示。Holland 关于遗传算法的研究提供了很好的说明。该算法于1960-70年代由 John Holland提出 Building Block:一个复杂的层次系统的整体演化中,总有若干关键元素在起关键作用 — Holland称之为Building Block; Fisher: “The Genetic Theory of Natural Selection” —进化是个体（群体）适应环境的过程 这一过程能否用计算机程序实现（模拟）？ 遗传算法 1960年代，“适应性系统理论”研讨班 － 逐步完善遗传算法 1972 Adaptation in Natural and Artificial Systems 环境 适应度 交配 突变 进化 遗传算法:一个例子 1 确定“个体”和“种群” 在这里,我们选择一组“x”作为“种群” 2 确定编码(encoding)方案 这里,我们对每个“x”采用二进制编码——可以用5位的二进制数（00000~11111)表示0～31的所有数 遗传算法:一个例子 3 随机选取初始种群 （00000） （10001）（01011） (01100) (11010) (01001) 4 计算适应度: f1=1/400; f2=1/9; f3=1/81; f4=1/64; f5=1/36; f6=1/121; 归一化: … 遗传算法:一个例子 5 按照适应度生成新的种群 （10001） （10001）（11010） (01100) (11010) (10001) 6 基因配对,并按一定的概率进行“交配”(crossover):个体交换染色体.例如: 100|01 10000 011|00 01101 7 以较小的概率实施基因突变(mutation): 10001 10011 遗传算法的离散动力系统本