KEGG数据库的使用说明.pdfVIP

KEGG 的数据 KEGG 中的pathway是根据相关知识手绘的,这里的手绘的意思可能是指人 工以特定的语言格式来确定通路各组件的联系；基因组信息主要是从NCBI等数 据库中得到的，除了有完整的基因序列外，还有没完成的草图；另外 KEGG 中 有一个 “专有名词”KO （KEGGOrthology），它是蛋白质（酶）的一个分类体 系，序列高度相似，并且在同一条通路上有相似功能的蛋白质被归为一组，然后 打上KO （或K）标签。下面就首先来讲一下KEGGorthology。 任找一个代谢通路图，在上方有pathwaymeue|payhwayentry |Show(Hide)description| 这3个选项，点击pathwayentry, 出现了一个页面，这 个随时被连接出来的页面相信大家一定再熟悉不过了。在这个页面中的pathway map项中点击按钮状的链接Orthologtable 。就进入了Orthologtable如下的页面： 在这个表中，行与物种对应，3个字母都是相应物中的英文 单词缩写，比如has表示Homosapiens，m 表示Macacamulatta；列就表示相 应的Ortholog分类，比如K00844就表示生物体内的己糖激酶hexokinase 这一 类序列和功能相似的蛋白质类 （酶类）。如上图has后有3101，3098，3099这3 个条目，它表示在人类细胞中中存在3 中不同的己糖激酶，它们分别由以上这3 组数字代表的基因所编码，这3组数字应该是这3个基因的登录号。空白则表示 在该物种中不存在这种酶。 K00844 KO 点击 则这一 分类信息及成员列表都可显示出来； has P 点击 则链接到物种（人类）基因组去了；点击 ，则显示相应的代谢通 。 下面我们点击3101，如下： 如上图，就是我们常见的一个页面，3101是KEGG 中的基因 ID （登录号），H.sapiens表示物种，然后是基因的名称，表达的酶，属于哪 个KO分类以及参与哪些代谢途径；下面还有结构、序列信息等等。 所以从Orthologtable中可以很容易地知道一张代谢通 上有哪些KO分类（酶类），并且这些酶类的成员在各物种中分配存在的情况以 及特定的名称。 怎么看KEGG 中代谢通路图 比如以上这个图，方框一般就是酶，方框里面的不是 IP 而是EC编号；小圆圈代表代谢物，你把鼠标放上去，（别放我这上面，放 KEGG 中去）会出现C00668 的东西，C代表compound，00668是这种化合物在 KEGG 中的编号，一般在KEGG 中数据条目都是这样的，前面一个标志，后面 一个五位数编号；大的圆方块，就表示是另一个代谢图了，所以就不展开了。 但是：为什么这个图上有的小框框是绿色呢？（这是绿色 吧？我蓝绿不分的，下同） 因为这是一张特定物种（S.cere. 酿酒酵母）的代谢图，蓝 色的框框表示专属于这个物种。在KEGG 中有两种代谢图，一种是参考代谢通 路图referencepathway，是根据已有的知识绘制的概括的、详尽的具有一般参考 意义的代谢图，这种图上就不会有绿色的小框，而都是无色的，所有的框都可以 点击查看更详细的信息；另一种就是像上面这样的属于特定物种的代谢图 species-specifi pathway，会用绿色来标出这个物种特有的基因或酶，只有这些绿 色的框点击以后才会给出更详细的信息。这两种图很好区分，referencepathway 在KEGG 中的名字是以map 开头的，比如map00010，就是糖酵解途径的参考 图，而特定物种的代谢通路图开头三个字符不是map而是种属英文单词的缩写 +2 （应该就是一个属的首字母 个种的首字母）比如酵母的糖酵解通路图，就是 sce00010，大肠杆菌的糖酵解通路图就应该是eco00010吧。 那么：怎么找这两种图呢？ （1）有下拉列表的时候，在列表选择reference 或者是特定物种即可。 （2）在path