MATLAB+7.X生物信息工具箱的应用——序列比对(二).pdfVIP

现岱生塑医堂鲞匮!翌塑!垒逝鲤：望鲢：堡堕g盟曼曼垫丛垒鱼壁堡麴璺亟i亟塑圣鲤壁堕：墨墼垒：垒 ：≥§!： ·技术与方法· MATLAB 7．X生物信息工具箱的应用——序列比对(二)，．c 李红燕刘新星谢建平杨英杰 (中南大学生物冶金教育部重点实验室湖南长沙410083) 7．X生物信息工具箱中的序列比 摘要：序列比对是基因序列分析中的一项重要工作。本文以人和鼠的基因为对象，介绍MATLAB 对方法，内容包括从数据库获取序列信息，查找序列的开放阅读框，将核苷酸序列转换为氨基酸序列，绘制比较两氨基酸序列的 散点图。用Needleman．Wunsch算法和Smith-Waterman算法进行比对，以及计算两序列的同一性。 关键词：序列比对；开放阅读框；序列散点图；同一性 中图分类号：TP391文献标识码：B文章编号：1673—6273(2008)02．0351-03 The ofMATLAB7．XBioinformaticsToolbox Application ——SequenceContrast(2)木 L1Hong-yan,LIUXin-xing,XIEJian-ping,YANGYing-jie， UMvemi纱) ABSllR the betweentwo isall taskin human sequences ACT：Determiningsimilarity importantgeneticsequenceanalysis．Taking themethodof the MATLAB7．X andmousefor introduces Bioinformatics gene geneexample，thispaper determiningsimilarityby Toolbox．Thecontentsinclude the informationfrom the sectionsof gettingsequence database，findingORFs，convertingproteincoding to thetwoamino thenucleotide to aminoacid adot acid sequences sequences，drawingplotcompare corresponding thetwoanzinoacid theNeedleman·-WunschandtheSmith··Waterman the sequencesby algorithm algorithm,andcalculatingidentity betweenthetwo sequences． dot plot；Identity Keywords：Sequencecontrast；Openreadingframe；Sequence Chinese DoettmentcodeB