六Blast使用入门.ppt

Blast使用入门 于浩 Identify similarities between novel query sequences whose structures and functions are unknown and uncharacterized and sequences in (public) databases whose structures and functions have been elucidated The query sequence is compared/aligned with every sequence in the database. High-scoring database sequences are assumed to be evolutionary related to the query sequence. If sequences are related by divergence from a common ancestor, there are said to be homologous. BLAST和FAST之间很重要的一点不同处。FASTA关心所有在第二步中所找出的字组表上的每一个字组，它会去搜寻数据库中的序列，看看这些序列是否含有这些字组；然而，BLAST只对高分的一些字组有兴趣，而字组的分数是由依序比较字组间的每个字，再配合得分矩阵（substitution matrix或scoring matrix）所产生的。因此，对于每一个字组而言，可能有20^3个BLAST可能关心的字组，当然这些字组经过一个门槛分数的筛选后，只有少数的字组会留下，而这些就是BLAST真正所关心的字组。举例来说，若以BLOSUM62为得分矩阵，则PQG分别和PEG以及PQA比较所得的分数是15以及12分，若门槛值是13，则PEG会留下来并被用于之后的步骤，而PQA则不被考虑。 为了要维持搜寻的灵敏度，BLAST2使用比较低的门槛值以留下较多的高分字组，因此第3步的高分字组表会变的比较长。接着，如果在图3中以X代表的匹配字组是在同一个从左下往右上的对角线上，而且它们的距离是小于一个门槛值A，则这两个匹配的位置会被结合成一个更长的区域。最后，这个新的区域会用旧版BLAST向左右扩展的方式来延伸成HSP，而这个HSP的分数一样也是用得分矩阵来评分每一个比对的情形，并将这些分数加总起来，就跟之前找高分字组的方法一样 确定特定的蛋白质和核酸序列有那些直系同源和旁系同源序列。 确定哪些蛋白质和基因在特定的物种中出现。 确定一个基因或者蛋白质的身份。 发现新基因。 确定一个特定基因有那些已经发现的变种。 研究可能存在的多种剪切方式的表达序列标签。 寻找对于一个蛋白质的功能和结构起关键作用的氨基酸残基。 新发现的基因位于中央神经系统，它可以产生“胃泌素释放蛋白受体”（GRPR）。许多科学家都试图研究GRPR基因与疼痛知觉的相关性，并没有人将它与瘙痒联系起来。 在最新的研究中，由美国华盛顿大学医学院的华人遗传学家Zhou-Feng Chen领导的小组对GRPR基因进行了深入的研究。他们发现，GRPR仅存在于一些脊髓神经元中，而这些神经细胞能够将痛和痒的信号传递给大脑。进一步的研究表明，肌体产生疼痛知觉并不一定需要GRPR蛋白受体——失去GRPR基因的小鼠仍然能够对热量、炎症和机械伤害产生疼痛反应 。 研究人员随后对GRPR基因突变的小鼠注射了组胺等痒诱导物质，从而确定了GRPR与痒知觉的相关性。他们发现，突变小鼠不会像正常小鼠一样到处乱挠。而当正常小鼠被注射仿GRPR蛋白功能的物质时，它们抓狂地更厉害了。 ?许多疾病，包括皮肤病和肿瘤都会引起慢性瘙痒，这是一项顽疾，而新的发现无疑将为瘙痒患者带来希望。 夏天放在口中的冰块可以带给你无限清凉，但这是哪种蛋白的功劳呢？三个不同的小组对小鼠的最新研究都表明，一种名为TRPM8的蛋白质在产生冷知觉的过程中起着主导作用，并且控制着低温对机体疼痛的缓解效果。由于人类和小鼠都具有编码该蛋白的基因，因此科学家推断，人类体内也具有类似的蛋白受体和生理机制。 ?TRPM8与感应热和辣的蛋白质属于同一家族，它存在于特定神经细胞的细胞膜上，成为响应外界信号的开关通道。科学家研究发现，当温度低于27摄氏度或者薄荷醇存在的条件下，TRPM8通道都会打开，使钙离子等带正电的粒子进入细胞。 ?最新的三项研究都表明，由于基因突变而无法制造TRPM8的小鼠，对于较低的温度几乎没有感觉，这确立了TRPM8在生物体感应低温过程中的主导地位。其中，美国加州大学旧金山分校的David Julius和同事直接检测了小鼠皮肤神经的电化学变化，他们的研究5月30日在线发表于《自然》杂志上。 ?人们