第七章 蛋白质功能分析及结构预测.ppt

第七章 蛋白质功能分析与结构预测 蛋白质功能分析 蛋白质功能预测 新基因的可能功能 已经了解到神经纤维素nf1基因的突变 与遗传性的多发性神经纤维瘤Ⅰ型疾病有关（neurofibromatosis 1）； 但关于该疾病的分子机制知之甚少。 序列相似性分析发现 NF1 与酵母的IRA蛋白同源，该蛋白是一个GTP酶活性调控蛋白(GTPase activating protein) ，也已经知道在酵母细胞中其调控GTP酶Ras的活性。 推断: NF1在人细胞中可能调控Ras蛋白； 然后进一步可以用生物实验加以验证。 蛋白质功能预测方法 基于同源序列的蛋白质功能预测 基于结构域（模体）的蛋白质功能预测 基于空间结构的蛋白质功能预测 基于相互作用的蛋白质功能预测 基于同源序列的蛋白质功能预测 蛋白质A具有转录功能，蛋白质B与A在氨基酸序列上同源（直系同源），因而蛋白质B也具有转录功能。 序列相似性比较作为一个非常有效的工具用于同源基因的发现 基于结构域（模体）的蛋白质功能预测 一类基因具有转录功能， 且它们所编码的蛋白质都具有Y结构域（模体），蛋白质B也具有Y结构域（模体），因而蛋白质B的功能也应该与基因转录相关。 蛋白质模体或结构域在氨基酸序列水平比其他区域保守，通过对序列比对可以发现这些在进化上较为保守的区域； 蛋白质模体或结构域通常与该蛋白质的功能直接相关； 根据模体或结构域信息可以对同源水平较低的蛋白质的进行功能预测。 基于空间结构的蛋白质功能预测 蛋白质A具有某一空间结构 ，而蛋白质B也具有与A类似的空间结构特征 ，因而蛋白质B具有与A 相似的功能。 序列-结构比较 结构-结构比较 基于相互作用的蛋白质功能预测 蛋白质之间相互作用以及通过相互作用而形成的蛋白复合物是细胞各种基本功能的主要完成者。 蛋白质A具有转录功能，蛋白质B可以与蛋白质A相互作用，因而蛋白质B可能与基因转录相关。 DIP蛋白质相互作用数据库（Database of Interacting Proteins） 蛋白质结构预测 结构决定功能 蛋白质一级结构 蛋白质一级结构就是氨基酸的排列顺序 蛋白质二级结构 二级结构：主要由氢键维系的结构（α-螺旋、β-折叠） 蛋白质三级结构 蛋白质空间结构确定方法 实验方法 X-射线晶体衍射 最为精确的方法(~1A) 体外，需要蛋白结晶 核磁共振(NMR) 精确度次之(~1-2.5A) 体内，不需要结晶 适用于小分子蛋白 蛋白质空间结构确定方法 蛋白质结构预测 蛋白质结构预测方法 同源建模法（Homology） 同源蛋白质具有相似的结构和功能 根据序列同源性推断目标蛋白的结构 折叠识别/穿线法（Threading） 根据现有的蛋白质折叠类型来推断目标蛋白的折叠方式 从头算预测法（ab initio） 从序列到结构 根据物理模型进行分子动力学模拟 蛋白质同源建模 主要思路： 对于一未知结构的蛋白质，找到已知结构的同源蛋白质，以同源蛋白质的结构为模板，为未知结构的蛋白质建立结构模型。 依据： 蛋白质一级结构决定高级结构，相似序列具有相似结构。一般如果蛋白质序列一致性超过30%，则它们具有类似的空间结构，即两个蛋白质的基本骨架相同，只是在非主要结构的一些细节部分有所不同。 蛋白质同源建模 预测结果准确率： 一致性60%的氨基酸序列，同源建模非常准确。若超过60%，且无大片段的插入或缺失，则预测结果接近于实验测定的结果。 一般情况，如序列一致性大于30%，则可以期望得到比较理想的预测结果。 蛋白质同源建模应用 蛋白质同源建模基本过程 搜索与目标序列同源的模板序列(已知结构的蛋白质序列) 目标序列与模板序列对齐 (关键步骤) 骨架结构构建 非保守区的环（loop）结构建模 侧链安装 优化和评估所建模型 一、选择合适的结构模板 通过序列相似性 －用FASTA, BLAST, PSI-BLAST －高度序列相似性的效果最好，但可尝试远源同源性，之后评估效果 ? 进化关系越相近，效果越好 －考虑系统进化树 ? 通常采用多个模板来建立模型的效果比较好 一、选择合适的结构模板 在PDB数据库中搜索与目标序列同源的模板序列，找到所有在序列水平上与目标序列相似的已知结构的蛋白质。 一、选择合适的结构模板 二、目标序列和模板的比对 目标序列和模板正确的比对非常重要 比对过程尽量使用结构信息 －大部分的插入/ 缺失发生在主要二级结构的连接处，而不是发生在二级结构中间。 －用所有可能的模板进行基于结构的序列比对 二、目标序列和模板的比对 二、目标序列和模板的比对 三、建立模型I——骨架的构建 如果只有一个模板，直接复制空间骨架结构; 如果有多个模板，对所有相关模板进行空间结构叠合，去除不一致的模板。 三、建立