脊尾白虾血细胞ests的生物信息学与微卫星序列特征分 析.pdfVIP

第 35卷第 5期 水 产 科 学 Vo1．35NO．5 2016年 9月 FISHERIES SCIENCE Sep．2016 脊尾 白虾血细胞 ESTs的生物信息学与 ． 微卫星序列特征分析 段亚飞 ，张 拮 ，李吉涛 ～，李 健。。，刘 萍 (1．中国水产科学研究院 南海水产研究所，农业部南海渔业资源开发利用重点实验室，广东 广州 510300； 2．中国水产科学研究院 黄海水产研究所 ，农业部海洋渔业可持续发展重点实验室 ，山东 青岛266071； 3．青 岛海洋科学与技术 国家实验室 ，海洋渔业科学与食物产出过程功能实验室 ，山东 青岛266071) 摘 要：对前期测序得到的脊尾白虾血细胞 2853条EST序列进行了生物信息学和微卫星序列特征分 析。EST序列拼接得到 1053条 Unigenes，包括 329条 Contigs和 724条 Singlets。BLAST分析表 明， 593(56．3 )条 Uingenes与数据库 中已知基 因具有相似性 。KEGG代谢途径分析表明，181条 Uni- genes映射到 120条代谢途径。通过EST-SSR分析，共得到416条微卫星序列，检出率为 14．58 。其 中，两碱基重复序列 374条，占89．9O ，AG重复类型最多 ；三碱基 35条 ，占8．41 ，AAT重复类型最 多；四碱基 7条，占1．68 ，AAGT重复类型最多。本研究可为脊尾 白虾功能基因资源挖掘及分子标 记筛选提供有效数据。 关键词：脊尾 自虾 ；血细胞；EST；生物信息学；微卫星 中圈分类号：$917 文献标识码 ：A 文章编号：1003-1111(2016)05—0562-06 脊尾 白虾 (Exopalaemoncarinicauda)是我 国 近年来 ，许多 甲壳动物 已获得 EST-SSRs标 黄、渤海地 区重要的经济虾类 ，具有繁殖能力强、生 记 ，如 中国明对虾 (FP Pr08口Pschinensis)[、凡 长速度快和环境适应性强等优 点Il]。近年来 ，脊 纳滨对虾 (Litopenaeusvannamei)[9]、斑节 对虾 尾白虾养殖产业发展迅速 ，其遗传育种研究 日益受 (Penaeusmonodon)L1。。、三疣梭子蟹 (Portunustri— 到重视。脊尾 白虾基因信息和分子遗传标记 的发 tuberculatus)[n和拟穴青蟹 (Scyllaparamamo— 掘 ，可以为其功能基因筛选、遗传多样性分析、遗传 sain)m 等。而 目前脊尾 白虾微卫星标记仅见通过 连锁 图谱构建及标记辅助育种等奠定基础。 构建基 因组微卫星富集文库筛选获得[1。本研究 表达序列标签 (EST)是指从特 定组织来源的 利用前期构建的脊尾 白虾血细胞全长 cDNA文库 ， cDNA文库中随机挑取单克隆进行单向测序而得到 对测序获得 的EST序列进行生物信息学和微卫星 的部分 cDNA序列 ，代表了生物体特定组织在某一 序列特征分析 ，以期为脊尾 白虾功能基 因资源挖掘 时期的表达基 因[3]。表达序列标签分析可 以用于 及分子标记筛选提供有效数据 。 新基因发现、功能基 因筛选、分子标记开发和基因 1 材料与方法 时空表达状况分析等 [3]。微卫星标记 (SSR)是水产 动物遗传育种重要的分子标记 ，具有多态性高、共 1．1脊尾白虾血细胞 EST序列测定和分析 显性、通用性好 、数量丰富和在基因组上分布均匀 利用前期构建的脊尾 白虾血细胞全长 cDNA 等特点[4-5]。EST—SSR可以避免