μ阿片受体的分子模拟及其配基的虚拟筛选 邓欣贤孙畅沈庆李炜 付伟 .doc

μ阿片受体的分子模拟及其配基的虚拟筛选 邓欣贤 孙畅 沈庆 李炜 付伟* Abstract In this report, the mu opioid receptor was modeled and validated based on X-ray determined structure of beta-2 receptor. Five probes with diverse properties have been used to probe potential binding sites on the receptor, thus the structure based pharmacophore against mu opioids was established. In-house database screening has been conducted to provide four hits with potential mu opioid binding affinity. 摘要：本课题是基于受体结构的计算机辅助药物设计，通过同源模建的方式建立起μ阿片受体的三维结构,并以5中不同性质的探针探测结构中潜在的结合位点。根据探测结果建立药效团元素，并使用自建分子数据库选择、组合药效团元素以建立合理药效团，并以此进行筛选，最终找到可能的具有μ阿片受体活性的化合物分子。 引言 阿片受体主要分布在神经系统中，是痛觉的整合和感受的重要组成部分，阿片受体激活后可以通过G蛋白偶联机制引发一系列反应，最终导致前膜递质的释放是的突触厚膜超极化，至此痛觉信号无法传导。正是由于其特殊的作用通路，靶向阿片的镇痛药有着其他镇痛药不可比拟的效果。而在中枢神经系统中存在4种阿片受体亚型，分别是μ、κ、δ和σ，其中μ受体激动剂和κ受体激动剂具有强效镇痛活性，但前者具有成瘾性，后者会引起致幻，焦虑和认知障碍等严重不良反应 [1]。但是μ受体激动剂在镇痛领域中的地位依然不可动摇。 本课题从阿片受体结构出发，寻找具有μ受体激动活性的配体，以期找到具有开发潜力的化合物作为以后继续研究的先导化合物。 结果与讨论 μ受体同源建模 阿片受体属于胺类G-蛋白偶联受体（G-protein coupled receptor, GPCR）膜蛋白家族。GPCR家族有共同的结构特征：均由7个跨膜螺旋、3个膜内Loop、3个膜外Loop，以及1个N－末端和1个C－末端组成。由于该类膜蛋白在膜上表达较少，且难于纯化结晶，迄今为止，只有两个GPCR家族受体三维结构被X-Ray表征，它们是牛视紫红质(Bovine Rhodopsin)和肾上腺素?2(Adrenergic??2) 受体。肾上腺素?2受体得以表征之前，GPCR家族蛋白同源模建均以牛视紫红质为模板，但是牛视紫红质蛋白与人类GPCR受体在跨膜区的同源性普遍较低（＜30%），严重影响了模型的准确性。2007年10月，高分率（2.4 ?）的人类肾上腺素?2 X-Ray晶体结构的表达为我们的同源模建工作提供了更加可靠的模板，一方面，该肾上腺素β2从属人种；另一方面，它与疼痛靶蛋白如阿片受体同属胺类GPCR受体家族。μ受体的同源性在25%以上。 Figure 1：Align result of μreceptor and its model protein; the DSSP of μprotein from PDBbank 我们运用Modeller9v2 软件建立μ阿片受体三维结构模型，采用Sybyl中Kollman All-Atom力场对该模型分别进行500步的逐步能量优化，得到最终μ阿片受体的3D模型。μ受体的三维结构模型分别示于图2。μ受体的活性口袋位于膜外第二个LOOP下端，由TM3, TM5, TM6, TM7靠近膜外端的残基形成，膜外第二个LOOP上的CYS和第三个跨膜区（TM-3）上靠近膜外端的CYS形成保守的二硫桥键。μ阿片受体有3个芳团簇，其中最大的芳团簇位于活性位点口袋处，由螺旋TM5, TM6, TM7共同组成(图3)。此外，七个跨膜螺旋之间亦存在氢键相互作用。 Figure 2：3D structure of μ receptor A B Figure 3: the distribution of μreceptor’s aryl-cluster. For A, is looking from the side panel. For B, is looking fr