pacbio-sequel测序样品要求及注意事项20170405 - 北京大学生物 .pdf

PacBio-Sequel 测序样品要求及注意事项 为保证获得高质量的测序结果，请仔细阅读本说明并严格按照要求准备样品，这将帮助 您得到最佳的测序数据和结果。如果所递交的样品质量不能符合下述要求，您的样品将不被 处理并将被通知退回。接到我们的退回通知后，请到测序中心取回您的样品。通知一个月后 未被领取的退回样品我们将不再保留。 一、 样品信息单 所有样品必须随同《样品信息单-Sequel》一起递交，请联系中心的工作人员 ， sequencing@pku.edu.cn ）索取表格。请详细填写信息单上所要求的各项样品信息及您的测 序要求，并发送至 sequencing@pku.edu.cn ，同样品一起递交至BIOPIC 高通量测序中心 实验室。 二、 genomic DNA 样品要求 内容 样品要求 • 双链DNA • 琼脂糖电泳，主带应在λ‐Hind III digest DNA marker 最大条带23 Kb 以上且主带清晰，无弥散（参见下图B ） • 未经反复冻融 • 未暴露于高温(65°C) • 未暴露于高低pH (6 or 9) DNA 质量 • 无颗粒物 • 无RNA 污染 • 未暴露于UV 和染料 •无螯合剂 ，二价金属阳离子 ，变性剂和洗涤剂 • 去除DNA 链上多糖等物质 ND260/280 1.8-2.0 DNA 纯度 ND260/230 2.0-2.2 Qubit/ ND 0.5 or 2 建议总量/(最低量*) 20/ (10) μg 建议浓度/(最低浓度*) 200 / (100) ng/μl *最低量或浓度仅以Pico Green (Qubit)检测结果为准，建库有一定风险。在样品量充足的情况下请按建议量提交样品。上述样 品量的要求为一次样品制备所需量，如需多次制备样品，请按照制备次数计算样品总量。 为保证提交样品的质量，请随样品提供电泳胶图、Nanodrop 的样品检测结果。请注意， 样品质量直接决定样品建库及测序结果 ，如不符合上述要求会导致测序失败。我们将通知退 回不符合上述要求的样品，如特殊要求仍要建库测序，需填写《高通量测序平台免责声明》， 自行承担建库或测序失败的后果及费用。 三、 样品保存及运输 请将制备好的genomic DNA 保存在EB buffer 或超纯水中，置于1.5 ml 低吸附管（如 Eppendorf LoBind Tube 或 Ambion Non-stick Tube ）内。低吸附管使用封口膜封好，并用 记号笔或标签清晰、准确地标记样品编号、日期、PI 姓名首字母缩写，内容应与《样品信 息单》一致。如需长期保存，请置于-80℃低温冷冻箱内。但为防止样品降解对测序的影响， 我们接受的DNA 样品冻存时间不超过三个月。运输中请使用足量的干冰或保冷制品 ，并选 用较快的运输方式，以降低运输过程中样品降解的可能性。 请将样品递交至：北京大学生物动态光学成像中心测序实验室（综合科研楼337 ）。 四、 样品备份 我们建议您对递交的每一份样品在您实验室留有足量的备份。深度测序技术流程复杂， 在建立测序文库，上机测序过程中可能因不可控因素而出现失败导致样品损失，所以请确保 测序失败后仍有足够量样品作再次测序。 对于特别珍贵的样品（如古人类RNA ，珍稀生物 样品等），请与测序实验室的工程师联系做特殊处理。 五、 测序结果 测序一般需要三周左右的时间。完成后您会收到seq.account@pku.edu.cn 发出的邮件 通知您测序已完成，请您及时来拷取碱基序列数据（bam 格式)。我们会在保存数据2 个月 之后删除，请您保存好自己拷贝的原始数据以免造成数据丢失。 六、 数据分析 请在收到拷取数据