琼脂糖凝胶电泳浓度与dna长度确定.docVIP

HYPERLINK http://shuai.be/archives/agar-concentration-vs-dna-length/ \o 琼脂糖凝胶电泳：胶浓度与DNA长度的关系 琼脂糖凝胶电泳：胶浓度与DNA长度的关系2010年1月22日 1,527 views HYPERLINK http://shuai.be/topics/biology/ \o 查看 Biology 的全部文章 Biology HYPERLINK http://shuai.be/archives/agar-concentration-vs-dna-length/ \l respond \o 琼脂糖凝胶电泳：胶浓度与DNA长度的关系 上的评论 没有评论 分离不同大小的DNA片段所用的最适凝胶浓度是不同的，数据见下表。凝胶浓度（%）线性DNA长度（bp）0.51000～300000.7800～120001.0500～100001.2400～70001.5200～30002.050～2000胶回收DNA注意事项①切胶回收DNA片段是要把整个目的片断所在位置的胶全部回收。所以为了减少胶的体积，我们就可以用相对比较薄的胶来跑电泳，通常只要够点样即可，或是采用薄而宽的梳子来跑胶。这样可减少回收试剂引起的一些后续麻烦。②主要还是DNA的浓度, 如果DNA浓度不够, 想胶小点也不可能。③紫外灯下切下含待回收DNA的凝胶时，要衬以干净的塑料薄膜，使用无DNA污染的新刀片，其目的在于防止外源DNA的污染。④利用凝胶回收试剂盒DNA回收效率较低或者未回收到目的片段可能有以下几个原因：胶块未完全溶解，可适当延长水浴时间，并增加上下颠倒次数辅助溶解；胶块体积太大，应先将其切为小块，分多次回收；电泳缓冲液pH太高，硅基质膜在高盐低pH结合DNA，如pH太高，应作适当调整；漂洗液中未加入无水乙醇。⑤可以改用去离子水洗脱。但是实验室所用纯水一般pH偏低，可利用NaOH适当调高其pH值，以增加洗脱得率。⑥洗脱产物含有残留的乙醇会影响后续酶切实验，请确保彻底去除漂洗缓冲液，具体方法参见回收效率低的解决方案。⑦不可以使用更小洗脱体积（小于说明书提供的最小洗脱体积）进行洗脱以提高浓度，因为说明书提供的最少洗脱体积是能完全覆盖吸附膜的最小体积，若减少体积则不能将DNA完全洗脱下来。⑧电泳检测只有一条目的带，可以选用凝胶回收试剂盒。如果后续实验对片段纯度要求较高，建议即使只有一条带，也可以切胶纯化，其回收得到片段的纯度可能要比直接回收高一些。⑨琼脂糖凝胶胶块不溶可能是下述原因：琼脂糖质量不好；含目的片段的凝胶再空气中放置过久，使胶块失水、干燥，建议切胶后立即进行回收或将胶块保存在4℃或-20℃；制胶的电泳缓冲液浓度过高或陈旧。关于胶回收切胶的一点注意事项1. 电泳的buffer和gel都是新制的，切胶的台子清理干净，刀片最好洗净灭菌，总之一句话就是保证切下的带没有外源 HYPERLINK http://shuai.be/tags/dna/ \o 查看 dna 的全部文章 \t _blank dna污染。2. 切胶是要把整个目的片断所在位置的胶全部回收。为了减少胶的体积，可以用相对比较薄的胶来做，只要够点样即可，也可采用薄而宽的梳子来跑胶。3. 关于防护，在一般有机玻璃后就足够了，戴上防护面具以保护眼睛，如果戴树脂眼镜就可以了。要是非常害怕紫外照射，或者对于胶有特殊要求，例如要求不含EB，可以采用点marker和带刻度的尺子一起照相的方法来确定目的条带在胶上的位置进行切胶。4. 按照正常程序点marker跑胶，然后切下有marker的胶，EB染色，紫外灯下与带刻度的尺子一起照相。由于要回收的带与marker间的相对位置已知，根据尺子来衡量未染色胶上目的带的位置即可。如果觉得很难判断，可以直接在marker边点少量的样，这样位置就容易确定了。 ?胶回收一. 提高胶回收量的办法：1) 增加电泳时的上样量。2) 电泳缓冲液用新鲜配制的。3) 切胶时尽量只切有条带的胶，减小切胶体积：含目的片断很少的胶就不要要了，不然影响回收率。4) 把切的两块或多块胶融化后，无论多大的体积都用一个管子，转移到同一个柱子上。5) 溶胶时所加的溶液可多一点，这样更有利于DNA与膜的结合，不过一般不要多余750ul。6) 胶回收的关键是通过柱子的溶液的盐浓度、酸碱性（电荷）和疏水性使DNA与柱子结合，因此，若电泳缓冲液的PH偏高，可在溶胶液中加入10ul（PH 5.0，3mol/L的 NaAC）；为了使DNA HYPERLINK http://app.shuai.be/mol/ \o 分子工具 \t _blank 分子更好的拦截在膜上，可以添加30％异丙醇在加热溶解胶后的液体里。7) 加洗脱液之前，将柱子在室