基于温度副本交换分子动力学模拟方法研究温度致h1 小肽结构变化特征.pdf

生物化学与生物物理进展 Progress in Biochemistry and Biop hys ics 2010, 37(3): 3 19~325 于温度副本交换分子动力学模拟方法研究 温度致 小肽结构变化特征* H1 曹赞霞 王吉华** ( 山东省高校生物物理重点实验室(德州学院)，德州235023) 摘要 采用GROMOS 43A1 力场，用温度副本交换分子动力学模拟方法研究水溶液中H1 小肽在4 个不同温度下的结构特 征 选择H1 小肽的初始构象分别为 螺旋和 折叠片，完成了两组独立的36 个温度副本交换的分子动力学模拟，一组从 茁 螺旋出发的模拟用来对该小肽的结构特征进行研究，另一组从 折叠片出发的模拟用于验证构象采样的收敛性，每个副本 茁 的模拟时间为300 ns ，共计模拟时间长达2 1.6 滋s 在 基础上，研究了H1 小肽在温度300K、330K、350K 和370K 下的结 构特征，分析了其主链二面角分布、天然氢键数、 转角的形成概率以及不同温度下偏好采样构象的变化特征等 模拟结果 茁 表明，在4 个不同温度下，均能够采样到同 折叠片结构的C 原子均方根偏差最小为0.05 nm 的构象类，该构象类在4 个 茁 不同温度300K、330K、350K 和370K 下分别包含了全部构象的39%、23% 、13%和 11% GROMOS 43A1 力场在刻画小肽 的结构方面具有一定的精度，但是在描述氢键方面仍需要加强，H1 小肽在不同温度下结构特征的比较能够为分子力场的优 化提供重要的帮助 关键词 H1 小肽，副本交换，分子力场，分子动力学模拟 学科分类号 Q615，Q7 DOI: 10.3724/SP.J.1206.2009.00616 自从 1977 年有关牛胰岛素抑制剂的分子动力 分含水模型，对H1 小肽完成了两组独立的36 个 [1] [2-7] 学模拟 报 以来，分子动力学模拟方法 已经成 副本交换的分子动力学模拟，每个副本的模拟时间 为生物大分子研究的一种重要工具，它能够在原子 为300 ns ，分子动力学模拟时间共计2 1.6 滋s 在 水平刻画生物大分子构象的时空分布以及动力学和 基础上，研究了水溶液中H1 小肽在4 个不同温 热力学性质，可为实验研究提供重要指导和补充 度300K、330K、350K 和370K 下的结构特征，分 当前，困扰蛋白质的分子动力学模拟有两个主 析了H1 小肽主链二面角分布、天然氢键个数、C [8-10] 要瓶颈，其一是经验分子力场的准确性 ；其二 原子同 折叠片结构的均方根偏差(RMSD) 、 转 茁 茁 [11] 是在高维构象空间采样的不充分性 目前，围绕 角的形成概率以及不同温度下偏好采样的构象变化 着这两个问题已经开展了大量研究工作 特征 这对揭示不同温度下H1 小肽的结构特征、 已有研究表明，叙利亚仓鼠的普列昂蛋白残基 了解其折叠机制以及改进分子力场的精确度有重要 片段 109～12