生体膜情报学讲座 - 奈良先端科学技术大学院大学 情报科学研究科.ppt

生命情報科学研究センターComputational Biology Research Center ２００１年４月　設立 ２００３年２月　青海Ｆビル内に増床 ２００５年４月より　バイオ?IT融合棟へ 我が国初の産学官連携型 大規模?専門 バイオインフォ研究施設 教授：　　　諏訪　牧子　（CBRC) 助教授：　上野　豊 （CBRC、脳神経情報研究部門) 膜タンパク質のバイオインフォマテイクス 現状は？ 膜タンパク質解析のモチベーション ゲノム中に膜タンパク質遺伝子はどのくらいコードされているのか？ ゲノムORF中の機能未知遺伝子 登録されている膜タンパク質配列数—立体構造数 膜タンパク質の構造と機能 膜タンパク質の立体構造決定数の推移(重複を除いたチェイン数) CBRC * 生体膜情報学講座 平成１６年１２月３日（木） 産業技術総合研究所 生命情報科学研究センター 　　　　　　　　　　　　　　　　諏訪牧子 　 奈良先端科学技術 大学院大学 情報科学科 生体膜情報学講座 産業技術総合研究所 連携 生体膜情報学講座 ????????????????????????????????????????????????????????? アミノ酸配列 蛋白質立体構造 蛋白質機能予測 ゲノムスケールで 応用 機能発現のメカニズム 理解 ゲノム情報学講座 　　　　　浅井　潔　教授　（CBRC) 五斗進　助教授　（京大） 生体膜情報学講座 密な連携 遺伝子の機能を予測したい。 バイオイオインフォマテイクスの手法により、新規な機能予測法の研究、開発が必要！！ 機能が判っている。 ゲノム全体の 遺伝子 機能が 判っていない (1) 細胞の生命活動に直結する機能　 ?創薬のターゲットとしても極めて重要 (2) 細胞や各小器官の進化の観点からの話題が豊富 ?比較ゲノム解析に対する期待 (3) タンパク質全体に占める存在比率は、高々20～30％ ?網羅的に構造、機能を決める気運の高まり (4) 未だ実験による立体構造決定が困難 ?In silico による立体構造、機能予測が必要 ?膜タンパク質に特化した新しい構造、 　　機能予測技術開発の宝庫 膜タンパク質に特化したバイオインフォマテイクス 研究が必要 Krogh et al. (2001) J. Mol. Biol., 305, 567-580 生物種名 C. elegans (線虫) D. melanogaster (ショウジョウバエ) S. cerevisiae (酵母) E. coli (大腸菌) H. influenzae (インフルエンザ菌) B. subutilis (枯草菌) M. genitalium (マイコプラズマ) B. burgdorferi (ライム病病原菌) C. pneumoniae (クラミジア) C. trachomatis (トラコーマ病原体) A. aeolicus (超好熱性細菌) Synechocystis sp. (ラン藻類) M. jannashchii (メタン生産古細菌) M. thermoautotrophicum (メタン古細菌) A. fulgidus (硫酸還元古細菌) ORF数 19,099 14,100 6,305 4,289 1,709 4,100 480 850 1,052 894 1,522 3,169 1,715 1,869 2,407 　　予測膜タンパク質 　　コード遺伝子数 　　　　　　　 5,778 　　　　　　　 　　　　　　　 　　　　　　　 2,835 　　　　 1,303 　　　　 898 　　　　 323 　　　　 987 　　　　 97 　　　　 244 　　　　 292 　　　　 219 　　　　 315 　　　　 818 　　　　 324 　　　　 407 　　　　 492 　　　　 % 30.1 20.1 20.7 20.9 18.9 24.1 20.2 28.7 27.8 24.5 20.7 25.8 18.9 21.8 20.4 全タンパク質の25％程度が膜タンパク質であるが、 機能未知タンパク質中で占める割合は高くなる 134 bacterial genomes M. musculus C. elegans A. thaliana E. cuniculi S. cerevisiae S. pombe P. falciparum 機能既知遺伝子　　機能未知遺伝子　　機能未知遺伝子 (膜タンパク質) 登録配列数 (SWISS-PROT rel. 42.00) 135,850 entries 21,351 (16%) 114