分子动力学模拟体系的设计和模拟计算的进行可能并不困难.pdfVIP

3. 分析方法 在实际工作中，分子动力学模拟体系的设计和模拟计算的进行可能并不困 。关键 之处在于如何分析动力学模拟得出的结果，说明一定的问题。因此我们专门设置一章讲解 动力学模拟的分析方法。 本章中我们将讲解四个例子：残基RMSD 值，平均能量，mb 分布和温度分布。每一 个例子都很典型，代表了一定的分析思想。但是由于某些例子需要较长的计算时间，读者 没有必要自己进行动力学模拟。在NAMD 教程文件中已经给出了动力学模拟得到的结果。 3.1 每个氨基酸残基的RMSD 值 上一章中，我们已经计算了整个蛋白质的 RMSD 值变化。我们初步提到了，RMSD 值反映的是偏离平均位置的程度，是原子运动幅度的大小的衡量。这里我们将计算每个氨 基酸残基的RMSD 值，按照RMSD 值对蛋白着色，并在最后进行问题讨论。本节的目的是 使读者明白进行RMSD 值分析的基本方法和意义所在。 3.1.1 RMSD 值的计算与蛋白着色显示 我们将要使用一个VMD 提供的脚本计算每个残基的平均RMSD 值，并把这个值储存 在VMD 提供的用户存储区中 （User Field），然后对蛋白进行着色。 1、首先，打开VMD，选择 File→Ne