基因组序列分析实例.pptVIP

建树的方法及甄选 系统发育分析的建树方法都需要设定一个进化模型。树的标准在一定程度上依赖比对和取代模型。 重建系统树的方法有很多，不同的方法在不同的情况下应用所得的结果存在差异。因此，了解各种方法的优缺点并根据自己科研的需要选择合适的建树方法很重要。 目前建树的主要方法 邻接法（neighbor-joining method，NJ）：是基于最小进化原理经常被使用的一种算法，他不检查所有的拓扑结构，能同时给出拓扑结构和分支长度。计算机模拟表明它是最有效的基于距离数据重建系统树的方法之一。 优点：重建的树相对准确，假设少，计算速度快，只得到一棵树。 缺点：将序列上的所有点同等对待，且所分析序列的进化距离不能太大。 总结：NJ法适合用于进化距离不大，信息 位点少的短序列。如近源物种序列分析。 最大简约法（maximum parsimony method，MP）：对某一个可能的树，首先对每个位点祖先序列的核苷酸组成做出推断，然后统计每个位点，用来阐明差异的核苷酸最小替换数目。 优点：MP发对于分析某些特殊的分子数据（如插入、缺失）有用。分析的序列上没有回复突变或平行突变，且被检验的序列位点数很大时，MP 能获得正确的（真实）的系统树。 缺点：MP法推导的树不是唯一的，在序列分析上存在较多的回复突变或平行突变，而被检验的序列位点数有较少的时候，MP可能会出现错误。 总结：MP法适用于序列残基差别小，具有近似突变率，包含信息位点比较多的长序列。通常用于近源物种序列分析。 最大似然法（maximum likelihood method，ML）：其原理是考虑到每个位点，出现残基的似然值，将每个位置所有可能出现的残基替换概率进行累加，产生特定位点的似然值。ML法对所有可能的系统发育树都计算似然函数，似然函数值最大的那棵树为最可能的发育树。 优点：ML法推断系统树时，要先确定序列进化模型。进化模型选择合理的情况下，ML法是与进化事实吻合最好的建树方法。 缺点：计算强度非常大，极为耗时。 总结：若有合适的分子模型可供选择，ML法建树获得的结果较好。 注意 建树方法很多，各有优缺点，要根据自己的研究需要联合使用不同的建树方法以获得最佳分析结果。 序列相似程度很低时，NJ法会出现长枝吸引现象，有事严重干扰进化树的构建。 如果序列高度相似，各种方法都会得到不错的结果，模型间的差别也不大。 NJ和ML都需要选择模型。蛋白质序列和DNA序列的模型选择是不同的，蛋白质一般选泊松修正（Poisson correction）,核酸一般选Kimura-2参数（Kimura 2-parameter）。 对各种模型的理解不深入，最好不要使用其他复杂的模型。参数设置推荐使用缺省的参数。 通常情况下，只要选择了合适的方法和模型，构建出的树均是有意的。 系统树的评估 采用Bootstrap法 建树过程中，均需要bootsrap进行树的检验。一般bootstrap值70,则认为进化树比较可靠.一般要用两种以上的不同方法建树，如果得到的进化树类似，且bootstrap值较高，则结果比较可靠。 Bootstrap值大家一般喜欢设为100或1000. 结果解读 树的分支，和分支的长度是有意义的，这分枝的意义通过其长度来表示其遗传速率，突变率，进化率，等等，这些你都可以定义，如果默认的情况下：也就是每一突变单位，等于一个单位的进化距离，等于一个单位的树长。 树的最主要的参考就是那个标尺，这个标尺也可以进行人文的标定：如１个单位树长度＝两个突变率，＝０.１％进化率，等等，根据自己试验对象而定，并且一定标注参考文献，否则，就是采用上面的默认情况。 SBL，the sum of branch lengths. Thank you and questions! 蛋白组学课件 吴晓龙 讲述内容 BioEdit 一、BioEdit BioEdit是一个生物序列编辑器，可在Windows 中运行，它的基本功能是提供蛋白质、核酸序列的编辑、排列、处理和分析。 BioEdit并不打算成为一个强序列分析程序，但是打算成为一个序列分析的友好用户界面，并连接其他在局域网和万维网上的更多的序列分析程序。 BioEdit功能 BioEdit的主要目的是，为那些不愿意被迫详细了解一个程序的使用方法的生物学家，提供一个有用的工具。BioEdit是直观的、菜单式的并有大量的图示，提供用户一个外部分析程序的图形界面。主要功能是提供明显的、容易使用的菜单选项。 已知问题和局限性 BioEdit想要成为一个处理个别简单序列的多用途界面，带有适合于自动化多重排列选项的综合序列排列，最佳成对排列，并且着重于使手工排列更容。易随着时间的推移增加了一些附件的功能（质粒绘图、