史丹福微阵列数据库(SMD) - 生物信息学.DOCVIP

史丹福微阵列数据库 生命科学院2002级生物技术 孙广雷 021402172 一、摘要 史丹福微阵列数据库(SMD)存有来自微阵列实验的原始的正规化数据，同时它也为研究员提供网络接口来取回数据，分析数据，使数据可视化。 史丹福微阵列数据库眼前有两个目标，一是作为斯坦福大学正在研究中得出的微阵列数据的一个储藏位置，第二就是来推动曾经被出版或被研究人员公开发布的数据的公开传播。更为重要的是它有属于在微阵列上被存放的DNA的生物学的数据和微阵列数据的连接(基因,及其他复制)。 史丹福微阵列数据库(SMD)利用许多公众的资源连接来传达一些相关生物学的信息及资料。 二、介绍 微阵列实验通常被运行实施在基因组衡量尺度上的基因表达或DNA副本数字。典型地数千DNA取样被放在载玻片上,同时在实验取样中的，被标记了的cDNA和基因组DNA，被选择性的进行杂交编排。然后载玻片上的图像被获得并且处理生成一个包含用数十个点来代表成千上万个数据点的数据文件。虽然每个点突出的数据是那些实验的样品和控制样品之间的比，但是其他数值可能被用作滤除的标准来决定哪一些数据是可靠的。因此，对每个点的全面分析需要用到对每个点所有数据的存取。一个20000个点的单一微阵列可能在百万条数据的次序和实验的系列中产生，可能因此产生超过五千万个数据点。史丹福微阵列数据库(SMD)的一个主要的目标要组织这笔巨大量的数据,使一个研究员能够过滤掉他们不需要的数据，而只取回那些他或她研究所需要的那部分数据, 然后在那一笔数据上进行分析和研究。 三、落实 史丹福微阵列数据库(SMD)中的数据在英特网上是通过一个网络浏览器来进行存取的，没有对特别的软件客户计算机上的装置的需要。更新几特征要求新近，使浏览器的Java脚本能够，多站台能不费事访问SMD。，原先的16位图像被归档。基于是否看起来包含可靠信息有系统问题(例如PCR失败，或者一些克隆发现被污染)别的点的大部分被用把数据与可提供的最新的生物学的注释联系起来。目前包含来自8个生物体系列的DNA结果因此使用几种资源获得关于每个DNA样的生物学信息是必要的。SMD存储了其基因名字，生物学来自基因数据库(SGD)的分子功能SMD使用由Proteome提供作为他们WormPD数据库的标题行SMD使用由提供作为他们WormPD数据库的部分的Proteome的标题产品，个是信息。对人和老鼠克隆来说，在和一种基因之间的经常确定可能改变。通过储存增加许多已经被排列的SMD能通过把一个克隆和它最新的基因任务连结起来。因此当用户或者分析数据时，他们总是能在它的最新的生物学的上下文里看见它。SMD也给外部数据库提供超链路，在那里用户能查看他们所关心的基因或者克隆的信息。使用户他们正的实验。SMD都会记录研究员的名字，一个种类，描述实验的生物学的性质和范畴，以及在微阵列上被视为生物DNA来源的有机组织。这些标准中的每个同时将随后的检查或者分析实验的数量在选择搜寻标准之后，一个研究人员可能选择是否分别看阵列，当分别检查阵列时，SMD给研究人员提供几种选择。一个研究人员可把个别的阵列的全部数据下载到一台本地另外，用户代GIF图像评价并且选择改变任何点的。因为GIF是一张可点击的图像地图，用户浏览个别的点观看在扫描期间获得的数据相关生物学的信息。为了综合分析数据，很多的结果通常被结合同时从多个阵列数据，并且什么生物学注释。可能(例如，或者例如只表示随一定数量而变化的基因的数据)在一个点上。因此一个研究人员请求数据例如，从比率2的点那里(第1频道强度150或者第2 频道强度150)。,举例来说，数据可能是改变的木材，或者一次数学例如一个文件然后被，用户可他们的本地上分析，或者用户可继续在线的分析。SMD提供在线的分级组件和自我组织地图。它使用的是XCluster，将来SMD还会支持k，和外这些分析的比较工具的方法正被研究人员更好的理解。与TreeView相的可能被下载或者结果可能被在线观看在线数据的浏览被可点击的地图ORF名字在基因或者实验之间的相互关系的展示外部生物学的数据库的连接简化因此，在运的典型分析期间，用户将首先选择他们感兴趣的实验，然后选择他们想要使用过滤标准回那些实验的数据，生物学的数据帮助他们解释作为生物学社区的一种资源的SMD为了向感兴趣的研究人员发布数据SMD正在努力提供一个公众的接口向生物学社区释放数据。目的是当出版时，或者实验拥有人的意见，数据将被看。出版的数据将被组织进在线分析或者下载的curated数据集。科学团体将能通过他们的所关心的标准它是生物体，通过出版，或者通过实验的种类搜寻并且分析实验Arabidopsis Functional Genomics集团的合作方面，用于微阵列实验的设备将被提供