微阵列设计与分析 - 南方医科大学.DOCVIP

南方医科大学本科专业教学大纲 微阵列设计与分析 Micro Array Design and Analysis 适用专业：生物信息学本科专业 执笔人：黄静 审定人：李彬 学院负责人：陈武凡 南方医科大学 二○○六年十二月 课程编码：B030072 一、课程简介 微阵列设计与分析（）是近几年兴起的一门新学科。该技术在病原体基因检测、基因表现比较、基因突变分析、及新药的开发等领域，具有广阔的应用前景。该门课程共54学时，3学分，主要包括微阵列基因芯片制备和检测技术以及统计学基础；数据处理方法，包括图像的获得和数据的前处理、数据的预处理和归一化以及微阵列实验中的分类方法；微阵列技术的标准化、基因芯片数据的基因注释和功能分析、基因芯片技术的应用等内容。其目的是使学生掌握微阵列设计与分析中的基本理论与基本方法。 Micro array design and analysis is a useful course for students of bioinformatics, which is a new subject developed in recent years. This course is 3 credit and 54 class hours. And it mainly contains such contents as the manufacture and the measurements of gene chip, the basic theory of statistics, the methods of data processing, concluding how to gain a image and how to preprocess data, the standardization of micro array technology, the notation and analysis of micro array data, the application of micro array, etc.. By learning this course, students will grasp the basic theory and common methods in micro array design and analysis. 二、教学内容与要求 第一章 概述 【教学内容】 2 DNA微阵列和基因芯片 3 基于启动子的DNA微阵列芯片 【教学要求】 了解微阵列技术的基本思想及DNA芯片的发展过程 第二章 微阵列技术简介 【教学内容】 2 微阵列芯片的预扫描 3 杂交和扫描 4 数据分析——克隆跟踪、芯片寻点以及数据发掘 【教学要求】 掌握微阵列芯片的制作过程——矩阵的构建、探针的准备、探针与矩阵的杂交、扫描和检测 第三章 微阵列数据管理 【教学内容】 2 微阵列数据分析中的噪声采样 3 数据共享和查询 掌握微阵列数据库的建立基本方法——数据的预处理和归一化 第四章 基因芯片图像的采集和处理 【教学内容】1 划格 2 分割 3 信息提取 4 质量评估 1、掌握基因芯片图像处理的基本方法——图像的组合、定量和转化成表达信息； 2、了解数据挖掘相关内容 第五章 微阵列实验中的分类方法 【教学内容】1 基因表达谱数据 2 不同分类方法概述——分类及统计决策论、费歇线性判别分析、线性判别和二次判别分析、线性判别分析的扩展、最近邻分类器、决策树、BP神经网络分类法、支持向量机、Parzen窗 3 分类中的一般问题——特征选取、标准化和距离函数、缺失值填充、多分类问题 4 性能评价——偏差、方差和误差率、再置换估计、倍数交叉验证、解靴带估计 1、了解分类及统计决策论，熟悉微阵列实验中的各种常用分类方法 2、掌握评价分类性能的几种方法和指标 第六章 微阵列技术的标准化 【教学内容】1 MIAME规则 2 Affimetrix芯片系统与MIAME规则 掌握Affimetrix芯片系统和MIAME规则 第七章 基因芯片数据的基因注释和功能分析 【教学内容】1 单一基因的注释 2 GeneOntology数据库中基因功能分类的分析 了解GeneOntology基因本体论 第八章 展望 【教学内容】 2 微阵列芯片的应用 3 主要数据分析软件介绍 【教学要求】 1、了解基因芯片在基因筛选、临床诊断中的作用 2、掌握几种主要的数据分析软件 三、基本实践技能（操作）项目与要求 正确理解微阵列技术的内涵，掌握微阵列设计中的基本方法，包括微阵列基因芯片制备和检测技术，微阵列实验中的分类方法，微阵列技术的标准化、基因芯片数据的基因注释和功能分析等。同时，掌握与之相关的统计学有关内容，如数据的预处理和归一化等。了解基因芯片技术在