活版印刷技术原位合成DNA微阵列 - 中国科学.PDFVIP

中国科学 B 辑 化学 2006, 36 (6): 493~500 493 活版印刷技术原位合成DNA微阵列 ①② ③ ②** 汤建新 陈 洪 何农跃 (① 湖南工业大学 绿色包装与生物纳米技术应用湖南省重点实验室, 株洲 412008; ② 东南大学 分子电子学国家重点实 验室, 南京 210096; ③ 中南林学院 林业部经济林育种与栽培重点实验室, 株洲 412006) 摘要 研究了一种基于活版印刷原理的中低密度基因芯片原位合成新方法, 该方法完全避免 了掩模制备过程, 合成速度快、制备成本低、便于批量生产, 有望满足人们日益增长的对批量基 因信息进行快速、低成本检测与分析的要求. 对活版印刷法寡核苷酸原位合成原理、合成工艺进 行了详细探讨, 设计加工了一套手动压印微阵列的合成装置, 并对自驱动单体溶液微通道纤维管 进行了筛选. 应用该方法在连接有手臂分子的载玻片上, 分别合成了4 条探针、16 和160 个位点 的寡核苷酸微阵列, 通过与互补的靶序列杂交和荧光分析, 微阵列上相同寡核苷酸探针的位点荧 光强度均匀, 表明其寡核苷酸探针分布均匀; 错配分析还表明得到的寡核苷酸微阵列能实现单个 碱基错配的检测. 关键词 活版印刷 寡核苷酸 原位合成 DNA 微阵列 目前DNA 芯片制备技术的发展呈现两大趋势: 芯片可能有着很大的实际应用前景和很大的潜在市 其一是以Affymetrix公司为代表的向高密度、高通量、 场, 并可能取得重大的经济和社会效益. 因此, 无论 高度并行性基因芯片发展, 试图把对应于人类所有 是高密度, 还是中、低密度基因芯片, 在生物检测、 基因的相应探针都固定在一块芯片上, 它的发展将 医学检验和疾病诊断、药物筛选以及基因序列分析上 [1~8] 对生命科学的基础与应用研究起到革命性的推动作 都有着极其重要的意义 . 用, 并有可能在将来引发新的革命; 另一种趋势是以 在基因芯片制备技术中, 中、低密度的芯片制备 Nanogen 公司为代表的过程集成化趋势, 由于在实际 一般采用点样法 [9]. 但它存在着两大缺陷: 其一是当 临床诊断及军事、司法应用中, 大多数情况下并不需 制备密度较高的核苷酸探针微阵列时成本很高, 例 要高密度的DNA芯片, 而是要求密度适中、但特别简 如, 当 20 目碱基的探针数量达到 1000 条时, 探针成 单、灵活、速度快、成本低、易于操作、质量可靠的 本即在 100000 元人民币以上,