多尺度分子模拟研究来自于无类囊体蓝藻的五聚体门控离子通道门控 .pdf

2011 年第 69 卷 化 学 学 报 Vol. 69, 2011 第 14 期, 1639～1644 ACTA CHIMICA SINICA No. 14, 1639～1644 ·研究论文· 多尺度分子模拟研究来自于无类囊体蓝藻的五聚体 门控离子通道门控机理 于 辉 李 卓 赵 熹 黄旭日* (吉林大学理论化学研究所 理论化学计算国家重点实验室 长春 130061) 摘要 五聚体门控离子通道是一个重要膜蛋白家族, 在生理学过程中起到重要作用. 我们以来自无类囊体蓝藻 (Gloebacter violaceus: GLIC)的五聚体门控离子通道X-ray 结构为模型, 进行总共 1.05 µs 的粗粒化分子模拟, 并结合原 子级分子模拟方法, 观察到其离子通道的闭合和相应的四级结构扭转. 我们发现其位于跨膜区组成通道的 M2 螺旋通 过倾斜-旋转(指向通道中心) 的协调运动来完成通道闭合. 进一步分析并结合前人的实验结果, 我们提出了该离子通道 门控过程的可能的“连锁反应”机理: 由单独亚基的M2 螺旋前部构象变化引发, 使该亚基发生整体的构象变化, 并且 将这种变化传递到了邻近的亚基, 进而带动整个通道的构象变化, 最终完成通道的闭合. 关键词 五聚体门控离子通道; 门控; 粗粒化 Multi-scale Molecular Simulations Study on the Gating Mechanism in a Pentameric Ligand-gated Ion Channel from Gloebacter Violaceus Yu, Hui Li, Zhuo Zhao, Xi Huang, Xuri* (State Key Laboratory of Theoretical and Computational Chemistry, Institute of Theoretical Chemistry, Jilin University , Changchun 130061) Abstract Pentameric ligand-gated ion channels belong to an important family of membrane proteins and play key roles in physiological processes. Based on the X-ray structure of prokaryotic pentameric ligand-gated ion channels from Gloebacter violaceus (GLIC), we performed a total of 1.05 µs coarse-grained molecular simulations, combining with atomic-level molecular simulation, and observed the pore closure and corresponding quaternary twist. We found that the pore closure by a