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分子力学molecular mechanics
分子力学
Molecular Mechanics
微观尺度材料设计⎯⎯ 分子力学
分子力学,又叫力场方法(force field
method),目前广泛地用于计算分子的构象和
能量。
分子力学从本质上说上是能量最小值方法,即
在原子间相互作用势的作用下, 通过改变粒子
分布的几何位型, 以能量最小为判据, 从而获得
体系的最佳结构。
微观尺度材料设计⎯⎯ 分子力学
分子力学的基本思想-1930,D.H.Andrews
在分子内部,化学键都有“ 自然” 的键长值和
键角值。分子要调整它的几何形状(构象),以
使其键长值和键角值尽可能接近自然值,同时也
使非键作用(van der Waals 力)处于最小的状
态,给出原子核位置的最佳排布。在某些有张力
的分子体系中,分子的张力可以计算出来。
微观尺度材料设计⎯⎯ 分子力学
分子的经典力学模型-1946,T.L.Hill
T.L.Hill提出用van derWaals 作用能和键长、键角的变
形能来计算分子的能量,以优化分子的空间构型。
Hill 指出:“ 分子内部的空间作用是众所周知的,(1)
基团或原子之间靠近时则相互排斥;(2)为了减少这
种作用,基团或原子就趋于相互离开,但是这将使键
长伸长或键角发生弯曲,又引起了相应的能量升高。
最后的构型将是这两种力折衷的结果,并且是能量最
低的构型”。
微观尺度材料设计⎯⎯ 分子力学
分子力学的发展
虽然分子力学的思想和方法在40 年代就建立起
来了,但是直到50 年代以后,随着电子计算机
的发展,用分子力学来确定和理解分子的结构
和性质的研究才越来越多。直到这时,才可以
说分子力学已成为结构化学研究的重要方法之
一。
微观尺度材料设计⎯⎯ 分子力学
分子力学的发展
近几年来,随着现代技术的发展和应用,特别
是计算机技术的发展,分子力学方法已不仅能
处理一般的中小分子,也不仅主要应用于有机
化学领域,而且能处理大分子体系。在其他的
一些领域,如生物化学、药物设计、配位化学
中,都有了广泛的应用。
微观尺度材料设计⎯⎯ 分子力学
分子力学的基本假设
The Born-Oppenheimer Approximation - 原子核的运
动与电子的运动可以看成是独立的;
分子是一组靠各种作用力维系在一起的原子集合。这
些原子在空间上若过于靠近,便相互排斥;但又不能
远离,否则连接它们的化学键以及由这些键构成的键
角等会发生变化,即出现键的拉伸或压缩、键角的扭
变等,会引起分子内部应力的增加。每个真实的分子
结构,都是在上述几种作用达到平衡状态的表现。
微观尺度材料设计⎯⎯ 分子力学
分子的空间能
分子力学从几个主要的典型结构参数和作用力
出发来讨论分子结构,即用位能函数来表示当
键长、键角、二面角等结构参数以及非键作用
等偏离“ 理想” 值时分子能量(称为空间能,
space energy)的变化。采用优化的方法,寻
找分子空间能处于极小值状态时分子的构型。
微观尺度材料设计⎯⎯ 分子力学
分子的空间能
分子的空间能E 可表示为:
s
E =Ec+E +E +E +…
s b t nb
其中E 是键的伸缩能,E 是键角弯曲能,E 是键
c b t
的二面角扭转能,Enb 是非键作用能,它包括van
der Waals 作用能,偶极(电荷)作用能、氢键
作用能等等。
微观尺度材料设计⎯⎯ 分子力学
分子的空间能
位能函数描述了各种形式的相互作用力对分子
位能的影响,它的有关参数、常数和表达式通
常称为力场。
对于某
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