蛋白质分子体系和生物网络的物理特性 - 教育部科技发展中心.pdf

推荐国家自然科学奖项目公示 项目名称 蛋白质分子体系和生物网络的物理特性 推荐单位 教育部 推荐单位意见： 我单位认真审阅了该项目公示材料，确认全部材料真实有效，相关栏目均符合国 家自然科学奖材料的填写要求. 该项目围绕物理学与生命科学交叉领域的前沿热点课题开展了系统的研究工作， 运用物理理论和方法，在蛋白质分子体系和生物网络物理特性方向做出了系列创新工 作。他们提出和建立了多个具有创新性的物理模型，研究了蛋白质序列复杂性简化、 蛋白质折叠和生物网络的动力学和物理特性，很好地解释了多个实验工作，部分结果 和预言被后续实验和理论证实和支持，在物理学与生命科学交叉领域中取得多项重要 的突破性进展，相关工作发表在Nature Struct. Biol.、PNAS、PRL、JACS 等重要期 刊上，并得到了同行专家的广泛引用和好评。 对照国家自然科学奖授奖条件，推荐该项目申报2017 年度国家自然科学奖二等奖。 项目简介： 蛋白质分子体系和生物网络是典型的软物质系统，相关的研究是物理学与生命科学 交叉前沿课题，其中蛋白质分子的序列复杂性简化、折叠组装机制，以及蛋白质等分 子相互作用网络功能的动力学调控机制是典型难题。例如，能否和如何从自然界20种 氨基酸中找出其最小自由度(最基本的种类集合)，从而以简化方式重构蛋白质结构并 保持其功能？当蛋白质在复杂物理化学环境中或具有多域等复杂结构时，如何快速而 准确折叠组装形成功能结构？以p53蛋白为中心的信号转导网络如何应答DNA损伤和调 控细胞命运？该项目围绕这些关键科学问题，综合运用物理学概念和方法，开展了相 关研究并取得了国际领先的成果，20篇主要论文包括Nature子刊、PNAS(4篇)、PRL(2 篇)、JACS等，他引1008篇，其中8篇代表作他引520篇。成果被同行在Nature、Science、 PNAS、PRL等期刊上综述好评，获2010年教育部自然科学奖一等奖。王炜等多次在国际 学术会议上作邀请报告（如APS March Meeting）。 创新成果包括： 1.提出量化氨基酸分组的特征物理量，建立了氨基酸分组理论，得到了分组方案：基 于氨基酸相互作用统计势，从失配度极小出发，得到了氨基酸简化分组，简化的5种氨 基酸分组与美国科学院院士D.Baker在Nature子刊上实验结果一致。基于蛋白质序列统 计和序列相似性极大，指出了仅含8-10种氨基酸的集合即可有效描述蛋白质序列复杂 性。该工作建立了蛋白质组成复杂性简化的理论框架，首次揭示了氨基酸分组与蛋白 质能量面理论和生物信息刻画的关联，分组简化方案被称为Wang-Wang方案，其概念和 分组被同行应用于蛋白质复杂性简化和序列分析等研究。 2.提出了新的物理模型，揭示了典型蛋白质体系的折叠组装动力学机制：1)考虑量子 特性引起的电荷转移，发展了金属离子与蛋白质相互作用理论模型，首次阐明了锌离 子介导锌指蛋白折叠的机制，为J.M.Berg等人早期实验提供了微观物理图象，预言的 微观过程被JACS、JMB等上的实验所验证。2)提出了多尺度耦合的物理模型，合理刻画 了蛋白质局部柔性和序列特异性，成功描述了多域、打结等复杂拓扑结构蛋白的折叠 动力学，揭示了这类蛋白选择最佳路径、克服拓扑阻挫、实现快速折叠的关键物理因 素。结果被美国科学院院士J.N.Onuchic肯定。3)利用大规模模拟，揭示蛋白质发卡型 结构单元的完整折叠机制，澄清了关于其机制的长时间争论，结果得到Tokmakoff等人 实验的证实。 3.提出几个典型生物网络模型，揭示了相关信号传导过程的动力学机制：1)首次构建 了细胞应答DNA损伤的四模块分子网络模型，刻画了应激响应的动力学过程和p53振荡、 两相动力学特征，揭示了细胞命运抉择调控的动力学机制及其生物学意义，解释了著 名生物学家U.Alon等在Nature Genet.上报道的p53振荡现象，得到了Oncogene上实验 工作的肯定。2)构建了多层神经元前馈网络模型，发现网络深层神经元能以同步放电 方式传递频率信号，此编码方式可保证信号准确传导和抗噪音干扰，被神经生物学家 D.A.McCormick的实验工作肯定。 客观评价： 该项目的成果在物理学和生物学交叉研究领域产生了很好的国际影响，8篇代表作 他引520篇，20篇主要论文他引1008篇。成果被同行发表在Nature、Nature子刊、PNAS、 PRL、JACS、Chem.Rev.、Neuron等权威刊物上的文章综述、好评和应用，获2010年教 育部自然科学奖一等奖。王炜等多次在国际学术会议上作邀请报告(如美