多序列比对与通用序列分析工具.pptVIP

多序列比对与Clustal的使用，以及各类常见的序列分析工具介绍;内容提要;第一部分：多序列比对及Clustal的使用;序列相似性比较和序列同源性分析;多序列比对的意义;同源性分析中常常要通过多序列比对来找出序列之间的相互关系，和blast的局部匹配搜索不同，多序列比对大多都是采用全局比对的算法。这样对于采用计算机程序的自动多序列比对是一个非常复杂且耗时的过程，特别是序列数目多，且序列长的情况下。;多序列比对的方法;自动多序列比对的算法;自动多序列比对的算法;Clustal的渐进比对过程;多序列比对工具－clustal;Clustal简介;Clustalx的工作界面（多序列比对模式）;Clustalx的工作界面（剖面(profile)比对模式）;Clustal的工作原理;Clustal的应用;2.两种工作模式。 a.多序列比对模式。 b.剖面(profile)比对模式。 3.一个实际的例子。;多序列比对实例;第一步：输入序列文件。;第二步：设定比对的一些参数。;参数设定窗口。;第三步：开始序列比对。;破弧冉泣恿延穴硷册魁秀校馈晚旧暂骗帅万冈而嫩禁增鲁童篙狂呛荣歧人多序列比对与通用序列分析工具多序列比对与通用序列分析工具;第四步：比对完成，选择保存结果文件的格式;仪片籽留棘嘲偿炊阀营炊膀加奎更率阮徘赵沥哇粱矩倾澡俱晤哇棱惺短世多序列比对与通用序列分析工具多序列比对与通用序列分析工具;Clustalw的使用(一); Clustalw还提供了命令调用形式的使用方式，方便于批处理过程，下面是一个典型的执行多序列比对的clustalw命令： $ ./clustalw –infile=dna.fa –type=dna –gapopen=10 –gapext=2 –output=gcg –outfile=align.gcg -align;在线的clustalw分析;;更为详细的教程;实际操作(练习);SIV MSMSSSNITSGFIDIATFDEIEKYMYGGPTATAYFVREIRKSTWFTQVPVPLSRNTGNAAFGQEWSVSIS RAGDYLLQTWLRVNIPPVTLSGLLGNTYSLRWTKNLMHNLIREATITFNDLVAARFDNYHLDFWSAFTVP ASKRNGYDNMIGNVSSLINPVAPGGTLGSVGGINLNLPLPFFFSRDTGVALPTAALPYNEMQINFNFRDW HELLILTNSALVPPASSYVSIVVGTHISAAPVLGPVQVWANYAIVSNEERRRMGCAIRDILIEQVQTAPR QNYVPLTNASPTFDIRFSHAIKALFFAVRNKTSAAEWSNYATSSPVVTGATVNYEPTGSFDPIANTTLIY ENTNRLGAMGSDYFSLINPFYHAPTIPSFIGYHLYSYSLHFYDLDPMGSTNYGKLTNVFVVPAASSAAIS AAGGTGGQAGSDYAQSYEFVIVAVNNNIVRIENSLVRNRRRWSREGPMVMVC TIV MSMSSSNITSGFIDIATFDEIEKYMYGGPTATAYFVREIRKSTWFTQVPVPLSRNTGNAAFGQEWSVSIS RAGDYLLQTWLRVNIPPVTLSGLLGNTYSLRWTKNLMHNLIREATITFNDLVAARFDNYHLDFWSAFTVP ASKRNGYDNMIGNVSSLINPVAPGGTLGSVGGINLNLPLPFFFSRDTGVALPTAALPYNEMQINFNFRDW HELLILTNSALVPPASPYVPIVVGTHISAAPVLGPVQVWANYAIVSNEERRRMGCAIRDILIEQVQTAPR QNYVPLTNASPTFDIRFSHAIKALFFAVRNKTSAAEWSNYATSSPVVTGATVNYEPTGSFDPIANTTLIY ENTNRLGAMGSDYFSLINPFYHAPTIPSFIGYHLYSYSLHFYDLDPMGSTNYGKLTNVSVVPQASPAAIA AAGGTGGQAGSDYPQNYEFVILAVNNNIVRISGGETPQNYIAVC WIV MSMSSSNITSGFIDIATFDEIEKYMYGGPTATAYFVREIRKSTWFTQVPVPLSRNTGNAAFGQEWSVSIS RAGDYLLQTWLRVNIPQVTLNPLLAATFSLRWTRNLMHNLIREATITFNDLVAARFDNYHLDFWSAFTVP ASKRTGYDNMIGNVSSLINPVAPGGNLGSTGGTNLNLPLPFFFSRDTGVALPTAALPYNEMQINFNFRDW TELL