机群管理系统安装简述.ppt

1 1机群结构介绍 2. 机群全局用户 机群的全局用户管理采用 NIS 用户的宿主目录放在 /export/home/username 在该目录下放有用户的各种配置文件: .bashrc .bash_profile 存放用户的私有数据 管理员创建新的账号 使用LCMS机群管理系统 在console节点命令行方式： useradd -d /export/home/username username passwd username cd /var/yp; make; cp /root/.rhosts /export/home/username 在普通计算结点上yppasswd更改普通的密码，或通过LCMS修改 2. 机群全局用户 用户环境变量的设置 用户私有的环境变量： 用户主目录下/export/home/username/ .bashrc 和.bash_profile文件 全局的所有用户相同的环境变量： 每个节点/etc/bashrc文件 3. 登录到机群 在windows系统下登录机群 ssh console ip 登录到节点console后，可以执行命令 rsh c0101 登录到其它任何节点。 节点的名称和IP 参考/etc/hosts文件 yppasswd修改自己的密码 4. 如何运行mpi程序 mpi并行环境 /export/mpi/mpich: GNU编译的MPICH-1.2.5 需要设置mpi并行环境的路径 ，例如使用mpich export PATH=/export/mpi/mpich/bin:$PATH 4. 如何运行mpi程序 MPICH并行环境的使用 mpicc –o cpi cpi.c 编辑列表文件hostlist c0101 c0102 c0103 c0104 rsh 到列表中的最后一个节点 mpirun -machinefile hostlist –np 8 cpi 5.如何使用LJRS作业调度系统 使用LJRS系统在管理节点提交作业，无需登陆到计算结点 使用LJRS提交串行作业 1)在普通用户下设置好LJRS的路径变量 2)编写作业提交脚本 [xyy@c0102 lamrun]$ cat gaussrun.sh #!/bin/bash g98 test397.out !普通的脚本 3)qsub gaussrun.sh 在提交提交作业的目录下会生成gaussrun.sh.e# 和gaussrun.sh.o# 两个标准输出和错误输出文件。#是当前作业号 5.如何使用LJRS作业调度系统 使用LJRS提交MPICH并行作业 编辑文件脚本run.sh，然后qsub run.sh 6. 实现机群系统并行命令的脚本 写一个并行脚本ido.sh #! /bin/bash for i in `cat $1` do echo ”---------------$i----------------------” rsh $i $2 done 提供hosts列表文件hostsc4 c0101 c0102 c0103 c0104 第一个参数$1表示使用哪个hosts列表 第二个参数$2表示要执行的命令，如果命令中有空格，用引号””将命令括起来 参数$i表示遍历hosts列表中的节点名称 例如我们要察看前四个节点的/etc/yp.conf文件，使用命令 ./ido.sh hostsc4 “cat /etc/yp.conf” ./ido.sh hostsc4 “ps –u root” ./ido.sh hostsc4 “rcp cons