豌豆开花后特异表达基因PPF-1核酸与蛋白质序列分析.docVIP

豌豆PPF-1核酸和蛋白质序列分析 姓名________ 学号______________ 组号_____________年___月___日 研究背景和文献阅读 （Pea Post-floral-specific gene，PPF-1）认真阅读论文，简述序列特征、表达特异性，以及可能的生物学功能。 数据库 检索UniProtKB序列数据库中豌豆内膜蛋白PPF-1的蛋白质序列总结序列条目的一般注释信息序列注释信息、数据库交叉链接 利用信息相似性蛋白质家族注释信息，找出拟南芥中PPF-1同源蛋白 浏览该同源蛋白的注释信息、文献报道和数据库交叉链接，说明其功能、亚细胞定位、组织特异性、互作蛋白、结构域特征、剪接变体、序列特征、基因结构、基因组定位、表达特异性等。 中的数据库交叉链接T2G28800，浏览基因在拟南芥信息资源系统（TAIR）中的注释信息，归纳总结其基因结构、剪接方式、突变体、资源等，并通过交叉链接-FP Browser查看基因的不同组织中的表达，交叉链接Phytozome Plant Gene Families该基因在其它植物中的同源基因。 分析 的点阵图程序DottupDotPath对PPF1_PEA蛋白质序列编码基因的编码区序列进行，比对结果说明上述程序的范围。 的比对程序局部比对程序Water对PPF1_PEA蛋白质序列编码基因的编码区序列进行，比对结果说明上述程序的实用范围。 读码框分析 提取豌豆内膜蛋白编码基因PPF-1全长mRNA序列，用WebLab中PlotORF程序分析其可能的读码框。 用WebLab中ShowORF程序分析PPF-1全长mRNA序列读码框特征。 用WebLab中SixPack程序分析PPF-1全长mRNA序列读码框特征。 用WebLab中GetORF程序提取PPF-1全长mRNA序列中编码区核苷酸序列和所编码的氨基酸序列。 比较上述读码框分析软件，说明其用途和特点。 核苷酸序列分析 利用WebLab中密码子统计程序，分析豌豆PPF-1和拟南芥中同源基因密码子使用特征。 利用WebLab中内切酶分析程序，分析豌豆PPF-1基因的酶切位点。 利用WebLab中引物设计程序，设计 PPF-1基因mRNA序列的引物。 蛋白质序列分析 利用WebLab和ExPASy网站提供的分析程序，统计PPF-1蛋白质20种不同氨基酸的组成利用WebLab和ExPASy网站提供的一级结构特征分析程序，分析PPF-1蛋白质不同区域疏水和亲水 利用WebLab中和ExPASy网站提供的跨膜螺旋预测程序，预测PPF-1蛋白质序列中可能的跨膜螺旋，并比较预测结果的异同。 利用WebLab中alpha-螺旋显示程序，绘制PPF-1蛋白质序列中预测到的跨膜螺旋的螺旋，说明跨膜区的序列特征 。 利用 课题相关蛋白质和核酸序列分析 检索UinProtKB数据库中和你研究课题相关的蛋白质序列，总结其注释信息、相关文献和数据库交叉链接提供的信息。 将以上豌豆内膜蛋白PPF-1序列分析思路和方法用于和你研究课题相关的蛋白质及其编码基因mRNA序列的分析，说明分析结果。 实用生物信息技术课程第次作业 2