时间延迟基因调控网络重构的决策树方法研究-中国科学.PDF

中国科学 C 辑 生命科学 2005, 36 (6): 565~573 565 时间延迟基因调控网络重构的决策树方法研究* ①②† ①②③④†** ①②③ ① ① ①⑤** 姜 伟 李 霞 郭 政 李传星 王丽虹 饶绍奇 (① 哈尔滨医科大学生物信息学系, 哈尔滨 150086; ② 哈尔滨工业大学计算机学院, 哈尔滨 150001; ③ 同济大学生命科 学与技术学院, 上海 200092; ④ 首都医科大学生物医学工程学院, 北京 100054; ⑤ Departments of Cardiovascular Medi- cine and Molecular Cardiology, Cleveland Clinic Foundation, Cleveland, Ohio 44195, USA) 摘要 基因调控网络的重构是功能基因组中最具挑战性的课题之一. 针对基因间转录调控的 时间延迟性, 提出了一种寻找时间延迟调控关系的方法: 多点延迟调控网络算法, 简称 TdGRN (time-delayed gene regulatory networking). 该方法根据时间序列基因表达谱数据, 构建时间延迟 基因表达矩阵, 利用有监督决策树分类器方法和随机重排技术挖掘基因之间的时间延迟调控关 系, 从而构建时间延迟的基因调控网络. 该方法是一种不依赖模型的基因网络重建方法, 相对于 目前采用的基于模型的网络重建方法有显著优势, 可直接利用连续的基因表达谱数据发现延迟 任一时间单位差的基因表达调控关系, 并避免了目前一些研究方法中需要人为设定基因的最大 调控子数目( k ) 的问题. 将该方法应用于酿酒酵母细胞周期的基因表达谱数据, 并构建时间延迟 的基因调控网络, 结果发现多数时间延迟调控关系获得了已有知识的支持. 关键词 基因调控网络 时间延迟 决策树分类器 许多重要的生命过程, 如发育过程中的细胞分 关基因识别、相关基因网络互作关系及新分子药物靶 [1~3] 化、衰老和疾病等并不是由储存生命信息的各基因孤 标的发现等 . 立地发挥作用的结果, 而是基因之间通过复杂的调 在生物体内, 基因表达之间的延迟调控现象是 控关系来进行控制的. 由于DNA芯片技术能并行、高 客观存在的. 例如, 一个基因g 1 对另一个基因g2 有抑 通量地检测成千上万个基因的表达水平, 这使得从 制作用, 但是基因g 1 要与基因g2 的上游调控序列结合, 基因表达水平上推断基因间的表达调控关系成为可 可能必须首先与其诱导因子g3 相结合. 因此, 从抑制 能[1]. 基因调控