Barrett食管基因差异表达谱初步探讨.pdfVIP

胃肠病学2008年第 13卷第 l0期 603 Barrett食管基因差异表达谱初步探讨木 汪兴伟 房殿春 郜恒骏 。，搬 徐 梅 徐江涛2 杨仕明 孙永刚1 第三军医大学西南医院全军消化病研究所 ’(400038) 生物芯片上海 国家工程研究中心 同济大学附属 同济医院消化疾病研究所 。 背景：病变组织差异表达基 因的分析有助于寻找与疾病发生、发展和临床治疗有关的关键分子。目的：应用寡核 苷酸芯片对 Barrett食管与正常食管黏膜组织的差异表达基 因进行高通量分析 ．以期筛选与 Barrett食管发生、发展相 关的分子标记物。方法 ：取 6例 Barrett食管患者病变食管黏膜和相应正常食管黏膜组织，Trizol一步法抽提总 RNA， 纯化后合成 cRNA探针 ；探针荧光标记和纯化后 ，将两种组织探针分别与 Agilent全基 因组寡核苷酸芯片 (含 30968 个基因组探针)进行杂交；获取芯片扫描图谱 ，以特征提取软件行定量分析、处理。结果：Barrett食管与正常食管黏膜 组织的2倍差异表达(Ratio值 ≥2或≤0．5)基 因中，上调基因 142个 ，下调基因284个 ，涉及细胞周期相关基 因、信号 转导相关基因、黏蛋 白相关基 因、癌基 因和抑癌基 因、骨形态蛋 白基 因、凋亡抑制基因、bcl一2家族相关基 因等 。结论 ： 高通量的基因芯片技术可筛选出大量Barrett食管相关基因，对这些相关基因的功能进行验证将有助于找到 Barrett 食管发生、发展 的关键基因或通路。 关键词 Barrett食管； 微阵列分析 ； 差异表达： 基因表达谱 PreliminaryAppraisalofDifferentialExpression GeneProfileinBarrett’SEsophagus WANG Xingwei， FANG Dianchun,GA0Hent~un，XUMei，XUJiangtao，YANGShimin~SUNYonggan~InstituteofDigestiveDiseaseofChinese ， SouthwestHospital，TheThirdMilitaryMedicalUniversity,Chongqing~ooo38) Co-c0rresp0ndenceto：FANGDianchun，Email：fangdianchun@hotmail．com；GAOHengjun，NationalEngineeringCenter forBiochipatShanghai，Shanghai201203，InstituteofDigestiveDisease，TonNiHospitalofTon~iUniversity，Shanghai 200065，Email：henNun——gao@shbioehip．com Background： Differentialexpressiongeneprofileanalysishasmadeitpossibletoidenti~novelgeneswithaltered expressioninlesiontissues，whichwererelevanttothedevelopment，progressionandclinicaltherapyofdiseases．Aims： ToanalyzethedifferentialexpressiongenesbetweenBarrett’Sesophagusandnormalesophagealmucosaltissuesbyhigh— throughputoligonucleotidemicroarray，andtoexplorethepotentialmolecularmarkerscorrelatedwiththedevelopmentand progressionofBarrett’Sesophagus．M