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第四章 多序列比较的实际应用 ;由于这些比较通常都希望能够推测新蛋白的功能，不管它们是双重比较还是多序列比较，都可以回答大量的其它的生物学问题。例如：在搜集的比较序列中，可以看出隐含于蛋白之中的物种进化关系，以便于更好地理解蛋白的进化。研究一个家族中的相关蛋白的差异，分析进化压力和生物秩序对于功能相关的蛋白进化影响。研究完多序列比较中的高度保守区域，我们可以对蛋白质的整个结构进行预测，并且猜测这些保守区域对于维持三维结构的重要性。 ;分析一群相关蛋白质时，很有必要了解比较正确的构成。发展用于多序列比较的程序是一个很有活力的研究领域，绝大多数方法都是基于渐进比较（progressive alignment）的概念。渐进比较的思想依赖于使用者用作比较的序列之间确实存在的生物学上的或者更准确地说是系统发生学上的相互关联。 ;与上一章的关系;?第一节渐进比较方法 ;这个辅助树，加权后可以证实极相近的序列，然后以双重比较极相近的序列开始，为组建比较提供基础，重新比较下一个加入的比较序列，依次类推。如果加入的序列较多，那么毫无疑问，必须加入空位以适应序列的差异，但是加入空位必须接受空位开放罚分和空位扩展罚分。 ;在绝大多数情况下，使用者不会在比较时加入结构信息，但是空位开放补偿利用了可以出现在α-螺旋或β-折叠末端的特殊残基以及空位罚分所偏好的残基。已经存在的空位的扩展原则很简单，只是要在那些极有可能在结构中形成弯曲的位点扩展空位，这些空位扩展罚分计算是由位置决定的。 ;为了介绍CLUSTAL W的使用，考察一下从四种不同物种来源的matrix metalloproteinase 9 preproprotein蛋白（Homo sapiens，Paralichthys olivaceus，Rattus norvegicus，Bos taurus）。将下列蛋白序列放入一个独立的文件中。 ;giref|XP_029934.1| matrix metalloproteinase 9 preproprotein [Homo sapiens] MSLWQPLVLVLLVLGCCFAAPRQRQSTLVLFPGDLRTNLTDRQLAEEYLYRYGYTRVAEMRGESKSLGPALLLLQKQLSLPETGELDSATLKAMRTPRCGVPDLGRFQTFEGDLKWHHHNITYWIQNYSEDLPRAVIDDAFARAFALWSAVTPLTFTRVYSRDADIVIQFGVAEHGDGYPFDGKDGLLAHAFPPGPGIQGDAHFDDDELWSLGKGVVVPTRFGNADGAACHFPFIFEGRSYSACTTDGRSDGLPWCSTTANYDTDDRFGFCPSERLYTQDGNADGKPCQFPFIFQGQSYSACTTDGRSDGYRWCATTANYDRDKLFGFCPTRADSTVMGGNSAGELCVFPFTFLGKEYSTCTSEGRGDGRLWCATTSNFDSDKKWGFCPDQGYSLFLVAAHEFGHALGLDHSSVPEALMYPMYRFTEGPPLHKDDVNGIRHLYGPRPEPEPRPPTTTTPQPTAPPTVCPTGPPTVHPSERPTAGPTGPPSAGPTGPPTAGPSTATTVPLSPVDDACNVNIFDAIAEIGNQLYLFKDGKYWRFSEGRGSRPQGPFLIADKWPALPRKLDSVFEERLSKKLFFFSGRQVWVYTGASVLGPRRLDKLGLGADVAQVTGALRSGRGKMLLFSGRRLWRFDVKAQMVDPRSASEVDRMFPGVPLDTHDVFQYREKAYFCQDRFYWRVSSRSELNQVDQVGYVTYDILQCPED gidbj|BAB68366.1| gelatinase [Paralichthys olivaceus] MRCCALAVCLVLVIVQDGWSLPLRSISVTFPGDILKNVTDTDLAETYLKRFGYLDKMHRSGFQSMVSTAKALKMMQRQMGLKETGKLDKSTLEAMKQPRCGVPDVANYQTFEGDLKWDHNDVTYRTLNYSPDMESSLIDDAFARAFKVWSDVTPLTFTRLYEGTADIMISFGKADHGDPYPFDGRNGLLAHAYPPGEGVQGDAHFDDDEHWTLGNGPAVKTLYGNADGAMCHFPFTFEGKSYTSCTTDGRTDNLPWCATTADYSRDGKYGFCPSELLYTVGGNADGAKCVFPFVFLEKEYDSCTKEGRSDGYRWCATTANFDQDQKYGFCPSRDTAVFGGNSE