隔离迁移（Isolation with Migration）模型数值计算的并行实现.pdfVIP

技术 ／TECHN0L0GY · A M 隔离迁移 (IsolationwithMigration) 模型数值计算的并行实现 周纯葆 ，郎显宇’，王彦桐 ，朱朝东 1．中国科学院计算机网络信息中心超级计算中心，北京 100190 2．中国科学院动物研究所动物进化与系统学重点实验室，北京 100101 摘 要： 在群体遗传学和分子生态学研究中，种群的分化分析是一个重要的内容 。IM (Isolationwith Migration)模型以DNA序列数据为基础同时评估两个种群分化过程中分化时间和迁移概率。IM模 型能够模拟许多真实世界中一个种群分行为两个种群的现象。IM模型应用MCMC(MarkovChain MonteCarlo)方法进行参数的推断。然而马尔科夫链需要经过漫长的时间才能达到一个稳定的概 率分布，并且参数推断所需要的空间可能超过一个计算机的内存。本文利用MPI(MessagePassing Interface)实现了基于数据并行的IM模型，在减少单个计算机内存使用和总的运行时间方面都有很 好 的效果。 关键词： 隔离迁移 (Isolati