利用氨基酸结构倾向性预测固有不规则蛋白质.pdf

第17卷第1期 生命科学研究 V01．17No．1 ScienceResearch Feb．2013 2013年2月Life 利用氨基酸结构倾向性预测固有不规则蛋白质 陈若雷，董彦生，贺 波+，冯伟兴 (哈尔滨工程大学自动化学院，中国黑龙江哈尔滨150001) 摘 要：为了降低固有不规则蛋白质预测模型中特征矩阵的稀疏性，提高预测模型的性能，提出一种利用氨基 酸结构倾向性预测固有不规则蛋白质的方法．利用氨基酸结构倾向性将20种氨基酸进行分类，构建氨基酸简 化集合．从间接角度提取氨基酸序列中蕴含的不规则结构特征，利用新的简化集合重新描述氨基酸序列，构建 固有不规则蛋白质预测模型．预测结果表明，基于氨基酸结构倾向性的预测模型能够有效地挖掘氨基酸结构 倾向性中隐藏的不规则结构特征信息。提高固有不规则蛋白质预测模型的预测精度． 关键词：固有不规则蛋白质；氨基酸；结构倾向性；预测 中图分类号：Q816 文献标识码：A DisorderedProteinsBased PredictingIntrinsically on BiasofAminoAcids Structural CHEN Ruo—lei，DONG Bo+，FENG Yan—sheng，HE Wei—xing University,Harbin (CollegeofAutomation,HarbinEngineering 150001，Heilon$iang,China) Abstract：Inordertoreduce offeaturematrixin of disordered intrinsicallypro— sparsity predictingmodeling of forintrinsi— teinsand the methodbasedonstructuralbiasaminoacids improvepredictingperformance，a is kindsamino are disordered of acidsclassified ofstructural cally proteinspredictionproposed．20 byusing biasofaminoacidsandareducedsetofaminoacidsisconstructed．Aminoacid were sequencesrepresented new set a for re- the reducedandnew disorderedwasbuilt．The by predictorintrinsicallyproteins predicting