植物甜蛋白马宾灵(mabinlin ) ⅱ 的二级结构及其b 细胞抗原表位预测 .pdf

  计算分子生物( 网络版), 2012 年, 第 1 卷, 第 1-6 页 Jisuan Fenzi Shengwu (Online), 2012, Vol.1, 1-6   研究报告 Research Report 植物甜蛋白马宾灵(Mabinlin Ⅱ)的二级结构及其B 细胞抗原表位预测 姚晶 1 , 顾文亮 1 , 夏启玉 2 , 胡新文 1 , 郭建春 2 1 海南大学农学院, 海口, 570228; 2 中国热带农业科学院热带生物技术研究所, 海口, 571101 通讯作者: jianchunguoh@163.com; 作者 计算分子生物, 2012 年, 第 1 卷, 第 1 篇 doi: 10.5376/.2012.01.0001 收稿日期：2012 年 03 月 12 日 接受日期：2012 年 05 月 18 日 发表日期：2012 年 05 月 25 日 本文首次发表在《基因组学与医学生物学》(2012 年第 31 卷第 2 期 154-159 页)上。现依据版权所有人授权的许可协议，采用 Creative Commons Attribution License 协议对其进行授权，再次发表与传播。只要对原作有恰当的引用, 版权所有人允许并同意第三方无条件的使用与传播。 建议最佳引用格式： 引用格式( 中文) ： 姚晶等, 2012, 植物甜蛋白马宾灵(Mabinlin Ⅱ)的二级结构及其B 细胞抗原表位预测, 计算分子生物(online) Vol.1 No.1 pp.1-6 (doi: 10.5376/. 2012.01.0001) 引用格式(英文) ： Yao et al., 2012, Prediction of the Secondary Structure and B Cell Epitopes of the Plant Sweet Protein Mabinlin Ⅱ, Jisuan Fenzi Shengwu (online) (Computational Molecular Biology) Vol.1 No.1 pp.1-6 (doi: 10.5376/.2012.01.0001) 摘 要 马宾灵(Mabinlin Ⅱ)是中国所特有的植物甜蛋白，在目前已知的七种植物甜蛋白中具有最佳的热稳定性，将其作为 新型甜味剂有着广阔的市场前景。本研究以马宾灵的氨基酸序列为基础，采用 Garnier-Robson 方法和 Chou-Fasman 方法预测 马宾灵的二级结构，采用 Karplus-Schulz 方法预测马宾灵的蛋白质骨架区柔韧性，采用 Kyte-Doolittle 方法预测马宾灵的蛋 白质疏水性，采用Emini 方法预测马宾灵的蛋白质表面可能性，采用 Jameson-Wolf 方法预测马宾灵的 B 细胞抗原表位。分 析结果表明，马宾灵的 A 链多形成转角和无规则卷曲结构，A 链的 N 端 27~30 区段形成较柔软的蛋白质骨架结构，A 链的 N 端 4~6 、7~9、10~11、12~14、20~22 、23~26 和 30~33 区段为抗原位点的可能性较大；马宾灵的 B 链多形成 β折叠和转角 结构，B 链的 N 端 0~7、9~13、28~29 、33~34、40~45 、53~54 和 55~57 区段为抗原位点的可能性较大。本研究以生物信息 学手段分析预测马宾灵的二级结构及其 B 细胞抗原表位，为设计马宾灵多克隆抗体以检测马宾灵在不同生物反应器中的表 达研究提供参考数据。 关键词 植物甜蛋白; 马宾灵; 二级结构; B 细胞抗原表位 Prediction of the Secondary Structure and B Cell Epitopes of the Plant Sweet Protein Mabinlin Ⅱ 1 1 2 1 2 Yao Jing , Gu Wenliang , Xia Qiyu , Hu Xinwen , Guo