高分辨飞行时间质谱在蛋白质组学相对定量分析中的应用 - 分析化学.pdf

第44卷 分析化学 (FENXI HUAXUE)摇 研究报告 第3期 摇 摇 摇 摇 摇 摇 摇 摇 摇 摇 摇 摇 摇 摇 摇 摇 摇 摇 摇 摇 摇 摇 摇 摇 2016年3月 ChineseJournal of Analytical Chemistry 403~408 DOI:10.11895/j.issn.0253鄄3820.150751 高分辨飞行时间质谱在 蛋白质组学相对定量分析中的应用 1 1 1 2 *2 洪晓愉摇 王 浩摇 徐金玲摇 李水明摇 王 勇 1(深圳大学生命科学学院,微生物工程重点实验室,深圳518060) 2(深圳大学生命与海洋科学学院,深圳市海洋生物资源与生态环境重点实验室,深圳518060) 摘摇 要摇 利用TripleTOF5600 高分辨质谱仪分析牛血清白蛋白等3种蛋白质标准品,研究了质谱离子强度与 蛋白质样品相对含量的相关性。 蛋白质标准品用胰酶酶切后,稀释成1~1024 fmol/ 7 滋L 的系列溶液,考察 在1~1024 fmol 上样量情况下,肽段的前体离子计数(cps)、蛋白质全部肽段的离子计数之和以及被检出肽段 数目与上样量的相关性,以及相同样品在3次平行实验之间这些数值的变化幅度。 结果表明。 被检出肽段数 目与上样量正相关,当cps超过1000 时,所有肽段离子强度之和与上样量呈线性关系,但是用最灵敏肽段的 离子强度表示更为准确。 3次测量同一肽段的最高离子强度通常不会超过最低强度的1.5倍,提示当不同样 品中同一蛋白的离子强度相差3倍以上是判断不同样品中相同蛋白质的含量具有差异的可靠阈值。 本研究 提供了一种利用高分辨率和高扫描速度蛋白质组组学定性数据进行半定量分析的方法,简便、快速,可为相关 生物学和医学研究提供参考。 关键词摇 定量蛋白质组学;高分辨飞行时间质谱;打击计数;信号强度;无标记定量 1摇 引摇 言 了解特定生物学过程,不仅要知道所涉及的分子种类,还需要明晰它们的含量及动态变化。 具有高 通量、高灵敏度、高线性范围和较高准确度的定量蛋白质组学近年来发展迅速,在生物学和医学研究中 的应用日益广泛[1~4]。 按照不同的定量原理,定量蛋白质组学技术可分为依据凝胶成像和液相色谱鄄质 谱信号强度两种定量技术。 前者主要利用双向电泳(银染或考染)或双向荧光差异凝胶电泳 [5] (DIGE) ,在蛋白质水平上进行定量分析,蛋白质的定量和序列鉴定是两个独立的步骤,其优点是差异 蛋白被真正分离,并且更为直观,但是操作繁琐耗时,各种翻译后修饰的存在使得“单一冶蛋白点上有可 能是分子量和等电点非常接近的蛋白质的混合物。 随着多维液相色谱鄄质谱技术和数据处理软件的不 断发展,基于质谱的定量蛋白质组学技术逐渐成为该领域的主流技术。 基于质谱的定量分析是将蛋白质通过特异性酶切水解成适于质谱检测的肽段,在进行肽段序列鉴 定的同时提取质谱信号的强度信息,然后将来自肽段的定量信息还原成蛋白质的定量信息。 根据定量 [6] 分析目的,又分为以三重四级杆质谱为平台的绝对定量分析(SRM) 和在其它串联质谱上实现的相对 [7] 定量分析 。 绝对定量分析是对已知蛋白和肽段的靶向测定,灵敏度高,抗干扰性强,但通量较小并需 要合成目标肽段。 目前应用更为广的方法是在高分辨质谱上同时实现蛋白质的鉴定和定量分析,按照 [8] [9] [10~12] 定量分析策略,后者又可分为稳定同位素标记定量分析 和无标记定量分析 两