陈崇波－微生物中的代谢足迹 - 生物化学与分子生物学.PPT

代谢足迹给我们提供了功能基因组学和菌株特性的一些重要信息 代谢足迹为科学家对细胞通讯，代谢工程和生物技术工艺的认识提供重要的方法 代谢足迹能够给我们提供一些关于胞内代谢情况的重要信息 从代谢足迹中得到的重要信息给能够帮助我们进一步破译代谢网络 在代谢组分析中提到的一些概念 代谢组：由细胞合成的，与代谢作用有关的一整套代谢物。代谢组由胞内代谢组和胞外代谢组构成。 代谢指纹：由核磁共振或质谱分析获得的光谱图，提供由胞内代谢物得到的“印记”。一般地，代谢指纹并不提供对特定代谢物的定性或定量的检测。 代谢足迹：由核磁共振或质谱分析得到的光谱图，提供由胞外代谢物得到的“印记”。一般地，代谢足迹并不提供特定代谢物的定性检测，相反，它依赖于描述数据趋势的规律的发展，这些数据涉及到的只是少数的变量。对代谢指纹和代谢足迹的平行分析，能够显示胞内代谢物与胞外代谢物可能的相互联系，因此能帮助我们鉴定可能的新的代谢物功能。 在代谢组分析中提到的一些概念 代谢物谱型：对一组特定的具有相似物理化学性质或代谢途径的代谢物进行定性和定量检测后的分析结果。 代谢物靶向分析：对感兴趣的一种或几种代谢物进行定量的分析，忽略样本中出现的非靶向峰图。 代谢足迹的分析工具 直接喷射法质谱： 代谢样本直接喷射到离子源前，因此可以绕开色谱的分离。电喷射离子化质谱通常用于极性代谢物的检测，而大气压化学电离用于低极性和非极性代谢物的分析，其灵敏度还有待提高。直接喷射法质谱允许对原样品或样品的粗提物进行高通量的分析，一般每个样品需要1到3分钟。直接喷射法质谱的主要缺点是所谓的“基质效应”，它使得检测不同基质的样本在灵敏度和定量的准确度方面均有所下降 代谢足迹的分析工具 质谱偶联： 它包含所有的这些分析技术，先对代谢物进行色谱分离再进行质谱分析，因此能对代谢物进行定性和定量的分析。在代谢组中，最常用的色谱分析技术是气相色谱（气相色谱-质谱），还有经常用于靶向分析的高效液相色谱（高效液相色谱-质谱），另外还有毛细管电泳（毛细管电泳-质谱）。目前，飞行时间质谱分析器是代谢组分析的首选仪器，因为它具有全质量扫描能力和提供全部的质谱图，所以使得它对代谢物的检测具有很好的灵敏度。 代谢足迹的分析工具 核磁共振法：核磁共振大量地应用于代谢组学的研究，得益于它的特异性和非选择性。这就意味着，我们观察到的每个共振对应于特异的化合物，它可提供一个样品中关于结构的丰富信息。核磁共振不需要分析的预筛条件，比如色谱分析的离子源或色谱分析的运行条件。 振动光谱法：傅里叶转换红外仪，是当前比较广泛应用的技术，可以获得生物样本的光谱指纹。傅里叶转换红外仪具有快速、无需反应试剂，对复杂生物样本的非破坏分析等优点，因此，便于高通量筛选和无偏性的测定。该技术的主要缺点是灵敏度相对较低，这使得我们很难将得到的信心整合到生物信息当中去。 胞外代谢物的自然角色 在胞外微环境中，胞外代谢物水平的任何改变都会直接反映由体系中微生物活动而引起的环境的变化。 举个例子，营养会被消耗，许多胞外代谢物作为代谢活动的副产物会形成。此外，微生物所接触的环境的真实状况，会影响微生物的代谢状况，进而影响到释放到微环境中的代谢物。 微生物能根据微环境进行精细的调控以最大化地利用自然资源。 举个例子，在厌氧条件下或在有氧条件，但存在氧化抑制剂情况下，啤酒酵母产生乙醇，以维持合适的氧化还原的平衡。在厌氧条件下，啤酒酵母不能消耗它产生并释放到环境中的乙醇，但在有氧条件下，酵母能利用乙醇作为碳源，从而导致碱性厌氧代谢到有氧呼吸代谢的转换。 那些不是由细胞分泌或排出的代谢物（比如磷酸烯醇式丙酮酸，）在胞外的存在，可作为细胞溶解的一个标记，因此能够向我们提供细胞特定生长条件下的一些信息，比如pH，渗透压，它们能指示细胞内压力 胞外代谢物的自然角色 此外，代谢物还具有重要的作用，这就是所说的细菌群感效应（QS），它依靠细胞感应胞外的代谢物。 细胞的群感效应是调控生物膜形成和其它生物学功能的机制。细菌能够分析特定的信号分子并感应它的浓度，当信号分子浓度达到阈值是，细菌就能够引发包括致病基因在内的相关基因的表达，以适应环境的变化。 胞外代谢组与胞内代谢组的偶联 代谢足迹能带来的重要生物的信息 代谢足迹的应用和可能的成果 通过代谢足迹进行细菌群感效应的研究 很多病原菌利用细菌群感效应（QS）机制来进行增值和攻击它们的宿主。 慢性疾病的感染主要原因是具有在生物膜系统中持续存在的能力，而这些生物膜系统通常是攻不破的，即使在抗生素的压力下，比如由菌绿假单胞菌引起的肺腑感染。在这些条件下，特异性地靶向靶向能诱导生物膜形成的QS分子，将是一种消灭微生物毒力的很有前景的方法，由于没有威胁到微生物的生存，因此