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Geneious使用说明
Geneious 使用
安装--exe--打开geneious
初始界面如下图：
Alignment 可用于比对，tree 建树，assembly 拼接。
序列拼接
右键点击local，创建新文件夹，测序公司提供*.abi 格式文档，可直接拖动，或者file-import 。
导入完成后结果如图：
为了准确可再次导入一个参考序列。
选择需要拼接的序列和参考序列进行assembly，（示例：DTH8 和DTH8-13F/R ），弹出窗口
参考序列为DTH8 （自动识别），选择不要剪切ok 。拼接完成图
按住ctrl，向上滚动鼠标即可放大，与参考序列一致颜色不变
与参考序列不一致颜色蓝色
此时选择上面的峰，第一个不一致处，多出一个G，点击allow editing，光标变为绿色，将
其放在consensus 上，删除“- ”，
下面一行的G 则被删除，序列校正过后再点击allow editing，如图
--
下一处不同竖着看--A--A,选择A ，不需要修改。
整个序列校正完毕后，点击save 。
若需要导出序列选择consensus，全选该序列，点击file-export-selected documents
如何比对？
将之前导出的fasta 再导入，如图：
全选后alignment，得到结果
颜色不是灰色的即为有SNP 的地方，放大后结果如图
其他功能：
Tools--Find ORF,结果如图：
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