利用染色质免疫共沉淀技术确定转录因子rin 调控的靶基因.pdf

生物技术通报 ·研究报告· BIOTECHNOLOGY BULLETIN 2011年第12期 利用染色质免疫共沉淀技术确定转录因子 RIN 调控的靶基因 1 2 2 2 2 2 李玲 傅达奇 朱毅 田慧琴 罗云波 朱本忠 1 2 （天津农学院食品科学系，天津 300384 ； 中国农业大学食品科学与营养工程学院 食品生物技术实验室，北京 100083） 摘 要: 以粉红期番茄果实为材料，用含不同浓度甲醛的缓冲液交联 DNA 和蛋白质，利用超声波将其染色质随机断裂成大 小为 200-1 000 bp 的片段，用 RIN 蛋白的特异性抗体免疫沉淀与 RIN 蛋白结合的 DNA 片段，然后解交联和纯化 DNA 片段，最 终用普通 PCR 试验和测序验证与转录因子 RIN 结合的 DNA 序列。结果表明，适用于番茄果实的最佳 ChIP 试验条件为 ：用 1% 甲 醛溶液交联 DNA 和蛋白质的复合物 ；用 20% 功率，工作 6 s ，间隔 10 s，脉冲 3 次超声破碎该复合物，可以得到适当大小的片段， 用于后续的试验。普通 PCR 和测序验证结果证明转录因子 RIN 与 LeACS2 和 LeACS4 启动子区域的 CArG box 序列结合。 关键词: 染色质免疫共沉淀技术 转录因子 RIN LeACS2 基因 LeACS4 基因 番茄果实 Determining the Target Genes of RIN Transcription Factor by Chromatin Immunoprecipitation 1 2 2 2 2 2 Li Ling Fu Daqi Zhu Yi Tian Huiqin Luo Yunbo Zhu Benzhong 1 2 （ ， ， 300384 ； ， Department of Food Science Tianjin Agricultural University Tianjin Food Biotechnology Lab College of Food Science ， ， 100083 ） Nutritional Engineering China Agricultural University Beijing