周期信号对受扰人工合成基因网络的影响.PDF

中国科学: 化学 2011 年 第41 卷 第7 期: 1225 ~ 1226 SCIENTIA SINICA Chimica SCIENCE CHINA PRESS 摘 要 周期信号对受扰人工合成基因网络的影响 ①② ②* 刘艳 , 李楠 ① 北京物资学院物流学院, 北京 101149 ② 北京理工大学化工与环境学院, 北京 100081 *通讯作者, E-mail: leen04@163.com 收稿日期: 2010-09-15; 接受日期: 2010-10-19 全文见: Science China Chemistry, 2011, 54(6): 992–997 doi: 10.1007/s11426-011-4285-z 摘要 生命系统时刻受到各类信号的干扰, 这些信号有些源于外界, 有些源于细胞内部, 既可能是周期信号, 也可能是随机信号. 过去几十年里, 人们对噪音在生命体系中的积极作用进行了广泛研究, 发现了生命体系中 的随机共振现象. 同时, 对于生命系统的一些周期行为如生物钟等现象, 研究者们从遗传学和动力学的角度进 行了探索. 随着生物信息学的发展, 科学工作者们根据生命体系内的复杂动力学反应构建了一些生物模型和基 因网络, 给理论和实验工作者提供了更好的研究平台. 我们将周期信号与噪音作为干扰信号, 研究了基因调控 系统对这些信号的反应. 我们研究的基因调控网络模型如下图所示: 加入噪音和周期信号的动力学方程表示如下: dx 1+x 2 +σαx 4 =− + t x +Asin t (γ βξ( )) (ω ) dt 1+x 2 + x 4 1+y 4 x ( σα )( ) dx 1+x 2 + x 4 σα =− y τy dt 1+x2 + x4 1+y 4 γy ( σα )( ) 刘艳等: 周期信号对受扰人工合成基因网络的影响 其中, x 和y 分别是无量纲的CI 蛋白质和Lac 蛋白质浓度; γ 和γ 分别代表CI 蛋白质和Lac 蛋白质的有效降解 x y 反应速率, 它们是可以被外界因素调控的, α 代表了当CI 蛋白二聚物与OR2 位点结合时转录速率增大的程度, σ是CI 蛋白二聚物对OR2 位点相对于OR1 位点结合的相对亲和程度, τ 是变量y 对变量x 的时间尺度差异引 y 起的量. ξ(t) 是具有零均值 ξ(t) 0 和单位方差 ξ(t)ξ(t +τ) δτ( ) 的高斯白噪音, β是相应的噪音强度. A 和ω 分别是周期信号的振幅与频率. 计算采用Euler 算法, 步长取1, 通过快速傅立叶变换来分析最后的16384 个点 以获得频谱图, 基于该频谱图, 用信噪比signa