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CodonUsageDatabase自动寻错平台CUDer的组建与应用
9 3 Vol． 9 No． 3
第 卷 第 期 生物信息学
2 0 1 1 9 China Journal of Bioinformatics Sep． ，20 11
年 月
doi :10. 3969 /j ． issn． 1672 － 5565 ． 20 11． 03． 0 16
Codon Usage Database 自动寻错平台
CUDer 的组建与应用
1 1，2 *
，
余劲聪 方柏山
(1． ( )， ，361021 ;
福建省高校工业生物技术重点实验室 华侨大学 厦门
2 ． ， ，361005)
厦门大学化学化工学院化学工程与生物工程系 厦门
: (CUD) ，
摘 要 密码子用法数据库 是密码子用法与密码子优化研究领域的一个重要的在线服务 为了找出该数据库中潜在的
， ( )，
两种不再适用的记录 即已过期的陈旧记录和在遗传密码类型上实际无法有效支持的记录 简称不支持记录 本文通过结合
BestCodon CUDassist ， CUD CUDer ， 。 ，
前期自主研发的两个软件 与 组建了 自动寻错平台 并应用于上述问题的研究 结果发现
CUD 317 4 。 ， NCBI ，
中存在 条陈旧记录与 条不支持记录 对于陈旧记录 这些记录的物种分类号在 中已发生变更 研究者应该
; ， CUDer (CUT)，
避免使用这些记录的相关数据 对于不支持记录 本文借助 计算得到这些记录正确的密码子用法表 弥补了当
CUD 。 ， CUD ， ， 。
前 的不足 此外 该平台也为面向 的自动化数据处理 提供了一个新的软件框架 具有一定的借鉴意义
: ; ; ;CUDer ;
关键词 密码子用法 密码子用法表 密码子用法数
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