附录. 在Linux 或Unix 作业系统上使用.PDFVIP

附錄. 在 Linux 或 Unix 作業系統上使用 Gaussian 09 I. 計算機概論與 Linux (Unix) 作業系統簡介 基本電腦架構 電腦的主要架構依外觀來看可以簡單的分為三個單元，輸入單元如滑鼠、鍵盤，輸出單元 如銀幕、印表機，主機是處理所有資料的核心。主機內主要的架構如下： 1. 中央處理器 (CPU) : 處理所有資料的核心。 2. 主機板 (Motherboard) : 完成各個部分資料流通的主要角色。 3. 記憶體 (RAM) : 是儲存 CPU 欲處理或處理完的資料中繼站。 4. 硬碟 (Hard disk) : 永久儲存資料的地方。 5. 介面卡：顯示卡 (Graphic card) ，運算加速卡等。 6. 網路連線設備。 其中最重要的是中央處理器、主機板、記憶體與硬碟，中央處理器、主機板、記憶體主要影響 電腦的運算效能，硬碟主要影響永久資料讀取與儲存的效能。下面我們簡單的介紹一下軟體運 作的部分 : 1電腦硬體與作業系統關係圖 由上圖可以看到最中間是電腦硬體也就是主機的部分，而核心開始到系統呼叫都是作業系 統程式的部分，其中核心是作業系統程式用來控制 CPU 、記憶體管理等部分，系統呼叫主要 是提供一個簡便的管道讓使用者與核心溝通來控制硬體，在 linux 或 unix 系統常聽到 kernel 指的就是這裡的核心，而shell (如bash 、csh 、tcsh 、ksh …等) 指的就是系統呼叫的部分，而 1 引用自鳥哥的Linux 私房菜網站 1 使用者自己安裝的工具程式就是應用程式的部分 2Shell 、kernel 與硬體的關係 Shell 是決定程式作業環境的關鍵，比如說大部分的程式都是用C 程式語言寫出來的，如 果想執行這類程式，必須使用 csh 或 tcsh shell ，來提供支援C 程式語言運行的環境。 Linux 作業系統下建立 Gaussian 09 工作站硬體與軟體的環境設定 影響 Gaussian 09 運算效能主要是 CPU 、記憶體的運算、處理效能，硬碟只有當計算產生大 量的暫存檔案時會影響較大，所以能夠使用讀寫速度較快的硬碟當然效能會較高，而系統分割 建議配置如下 ： 1. / (這是作業系統的資料主要所在 ，包含各個主要的硬體裝置…等) 2. /home (放置所有使用者資料的地方 ，例如計算使用的程式、個人資料) 3. /swap (相當於 windows 的虛擬記憶體 ，當記憶體不足時會使用) 4. /s (放置 Gaussian 09 運算時產生的暫存檔案所在) 注意 : 對於配置 /s 分割區時建議採用多顆硬碟組成硬碟陣列 (Raid 0)或固態硬碟來增加硬 碟的讀寫速度，而放置主系統檔案與使用者檔案的分割區，因為資料保存安全的問題，保存資 料的磁碟區不建議用Raid 0 ，因為若發生壞軌無法復原資料 ，保存資料的Raid 類型建議是 Raid 10 或 Raid 5 。 詳細的資料可以參閱下列網站 ： /wiki/RAID /linux_basic/0420quota.php#raid /watch?v=e-qsimphlLU 2 引用自鳥哥的Linux 私房菜網站 2 軟體的部分，作業系統建議使用 Linux 或 Unix 系統，主要是基於安全性高以及硬體資源使 用限制較少等原因，目前免費的作業系統有 open SUSE 、Fedora 、Ubuntu 、CentOS 等 ，對於 初次接觸 Linux 系統的使用者來說，許多Linux 作業系統目前都已經發展出親人的X-windows 介面，使用上容易許多，個人用戶可以考慮使用 open SUSE 或Fedora 系列的作業系統 ，需要 安全性要求較高的可以考慮SUSE 或 R