gaussian基本概念与用法.docVIP

1 计 算 流 程 上面的图应该是从L301说起的，即图中的“基组”，L301的作用是产生基组信息。（在这之前还有L1：处理计算执行路径，创建执行链接的列表，并初始化scratch文件；L101：读取标题和分子说明部分；L103：berny优化到最小值；L202：重新定位坐标，计算对称性，检查变量）“基组”之后是“分子结构”即L401，形成初始的分子轨道初猜。第一个框中有“分子轨道”和“能量”两项，我想这应该指的是L502即迭代求解SCF方程。下面红线圈的框中则是迭代求解的具体过程。每次迭代完毕都得到一个能量。即（SCF Done: ?E(RHF) = ?-xx.xxxx ? ? A.U. after ? xx cycles） 然后是L103判断力和位移是否满足收敛条件。如果满足（即四个yes），则进行布居分析等，并完成计算。如果不满足，则继续调整分子结构（L401），再次进行迭代求解，反复这个过程，直到满足力和位移收敛条件为止。如果不是HF方法而是多体微扰，CI等后-scf方法的话，在每次迭代（L502）完成后还要多一步相关能的计算，以MP2为例，迭代完成后多出:L801(双电子积分变换的初始化),L906(半直接的MP2)和L1002(迭代求解CPHF方程)等计算。 对于楼主的图，我觉得力和位移判断为NO以后，箭头应该指向最头上的“基组”，因为实际过程中，每次构型调整都会重新定位坐标和产生基组信息。常见问题分析 1． 检查是否有初始文件错误 在命令行中加入 %kJob L301 or %kJob L302 如果通过则一般初始文件ok。常见初级错误：a. 自旋多重度错误; b. 变量赋值为整数; c. 变量没有赋值或多重赋值; d. 键角小于等于0度，大于等于180度e. 分子描述后面没有空行; f. 二面角判断错误，造成两个原子距离过近; g. 分子描述一行内两次参考同一原子,或参考原子共线 2． SCF(自洽场)不收敛 则一般是L502错误,省却情况做64个cycle迭代(G03缺省128 cycles)a. 修改坐标，使之合理; b. 改变初始猜 ?Guess=Huckel 或其他的，看Guess关键词; c. 增加叠代次数 SCFCYC=N （对小分子作计算时最好不要增加，很可能结构不合理）; d. iop（5/13=1）这样忽略不收敛，继续往下做。3． 分子对称性改变 a. 修改坐标，强制高对称性或放松对称性; b. 给出精确的、对称性确定的角度和二面角。 如CH4的角度给到109.47122; c. 放松对称性判据 ?Symm=loose;? d. 不做对称性检查 iop(2/16=1),最好加这个选项）,iop(2/16=2) 则保持新的对称性来计算 4． Opt时收敛的问题 a. 修改坐标，使之合理; b. 增加叠代次数optcyc=N 5． 优化过渡态，若势能面太平缓，则不好找到。iop(1/8=10) 默认30（下一个结构和该结构的差别0.3?），可改成10。如果每一步都要用到小的步长，应该加opt(notrustupdate) 6． 在CI（组态）方法中 如QCISD(T),CCSD(T),CID方法中，省却最大循环50，若出错（L913错误）,解决方法： #P QCISD(maxcyc=N) ? ?注：N≤512 7． 优化过渡态 opt=TS (给出过渡态);opt=qst2 (给出反应物和产物); opt=qst3 (给出反应物和产物和过渡态)a. ?用G03时的出错 ? opt=ts 必须加FC (force constant)写法：opt=(TS, calcFc) or opt=(TS,calchffc)计算HF力常数，对QCISD，CCSD等方法用；or?opt=(TS,modRedundant) ?(最好写这个)b. 如果计算采用QCISD计算（不好计算FC）则写为QCISD opt=(TS, calcHFFC) (用HF计算FC) 8. 无法写大的Scratch文件RWF a. 劈裂RWF文件 %rwf=loc1,size1,loc2,size2,……..,locN,-1? ?b. 改变计算方法 MP2=Direct可以少占硬盘空间 ? ?c. 限制最大硬盘 maxdisk=N GB，****MB,有些系统写2GB会出错，可以写2000MB 9. FOPT出错 原因是变量数与分子自由度数不相等。 可用POPT 或直接用OPT 10. 优化过渡态只能做一个STEP 原因是负本征数目不对 添加 iop（1/11）=1或者noeigentest 一些容易忽略的地方 1。低频率振动模式时，力常数很小，必须