紫孢侧耳ps—mnp 1基因克隆与蛋白结构预测 - 广西植物.pdf

广 西 植 物 Guihaia Jun．2O15，35(3)：393—400 http：／／journa1．gxzw．gxib．cn DOI：10．11931／guih~ gxzw201501024 尹立伟 ，杨春成，朱玉 ，等．紫孢侧耳 Ps—mnp1基因克隆与蛋白结构预测r-J]．广西植物 ，2015，35(3)：393—400 YinLw，YangCC，ZhuY，eta1．CloningandproteinstructurepredictionofPs—mnplfromPleurotussapidus[J]．Guihaia，2015，35(3)：393—400 紫孢侧耳Ps—mnp1基因克隆与蛋 白结构预测 尹立伟 ，杨春成 ，朱 玉 ，伦志明 ，张 静 (1．安庆师范学院 生命科学学院，安徽 安庆 246011；2．黑龙江农业经济职业学院 ，黑龙江 牡丹江 157041) 摘 要：克隆紫孢侧耳 PSI菌株锰过氧化物酶基因Psmnp1，具有生物降解木质素的活性 ，可用于分析锰过 氧化物酶的蛋 白功能与结构 ，并对深入了解紫孢侧耳 Ps—mnp1基 因功能和转录调控具有重要 意义。基于 ITS序列分析 ，明确了该菌株的分类地位 。根据 GenBank中白腐菌 MnPs保守序列设计引物，采用染色体步 移法和逆转录 PCR法获得Ps—mnp1基因，GenBank登录号为 (KP189358．1)。在克隆 Ps—mnp1基因并分析 蛋白结构时，采用多种现代生物信息学技术 ，经染色体步移法克隆的DNA全长序列后，利用 contigexpress拼 接软件预测Ps—mnP1基因的cDNA全长序列 ；使用 BioEdit分析软件对 DNA 和 cDNA核苷酸序列 比对 ；通 过 Augustus网站预测 RNA 的剪接位点并在NCBI上进行同源序列比对校正 ；采用基因结构软件对 比了解 白 腐菌 MnPs基因的内含子／#b显子的组成。序列分析表明Ps—mnp1的DNA全长序列 1854bp，具有外显子 14条和内含子 13条。从 Ps—mnp1与其它 白腐菌M Ps基因的内含子／外显子组成分析来看 ，紫孢侧耳和糙 皮侧耳同属于侧耳属 ，但它们之间的MnPs基 因结构完全不同。Ps—mnpl开放阅读框为 1095bp，起始密码 子 ATG，终止密码子 TAA，编码 364aa，含有 20aa残基构成的信号肽序列。采用 MEGA 5．1软件构建的蛋 白系统进化树表明Ps—mnpl与6株 白腐菌蛋 白聚类在短枝 MnPs，区分了含有 5个二硫键组成的长枝 MnPs 组群 ；此外 ，构建的蛋 白同源模型表明，与刺芹侧耳多功能过氧化物酶相似度为 72．51 ，蛋 白配体中结合位点 有 1个含铁血红素、2个钙离子、1个锰离子等，这些结合位点为不守恒 。该研究为紫孢侧耳锰过氧化物酶 的 结构 ，蛋白功能 Ps—mnpl奠定了基础 ，并进一步为 Ps—mnpl的蛋白质工程改造提供借鉴作用。 关键词：紫孢侧耳 ；锰过氧化物酶 ；蛋 白结构；生物信息学；同源模建 中图分类号：$718．81 文献标识码 ：A 文章编号 ：1000—3142(2015)03—0393—08 Cloningandproteinstructurepredictionof Ps-m·np1from Pleurotussapidus YIN Li—Wei，YANG Chun-Cheng，ZHU Yu ，LUN Zhi—Ming ，ZHANGJing。 (1．SchoolofL Sciences，AnqingTeachersCollege，Anqing246011，China；2。HeilongJiang AgriculturalEco,~omyVocationalCollege，Mudanjiang157041，China) Abstract：To clonethemanganeseperoxidasegenePsmnp1from PleurotussapidusPS1contributingalottothe ligninbiodegradationacti