基于集成分类器的蛋白质折叠模式识别 - core.pdf

第 10 卷 第 2 期 生 物 信 息 学 Vol． 10 No． 2 2 0 1 2 年 6 月 Chinese Journal of Bioinformatics Jun． ，20 12 doi: 10. 3969 /j ． issn． 1672 － 5565 ． 20 12 ． 02 ． 10 基于集成分类器 的蛋白质折叠模式识别 * ， ， ， 胡始昌 江 弋 林 琛 邹 权 ( ， 361005) 厦门大学 信息科学与技术学院 福建 厦门 : “21 ” ， 摘 要 蛋白质折叠问题被列为 世纪的生物物理学 的重要课题 他是分子生物学中心法则尚未解决的一个重大生物学 ， 、 、 。 ， ， 问题 因此预测蛋白质折叠模式是一个复杂 困难 和有挑战性的工作 为了解决该问题 我们引入了分类器集成 本文所采 ( LMT 、Random Forest 、SMO) 188 。 ， 用的是三种分类器 进行集成以及 维组合理化特征来对蛋白质类别进行预测 实验证明 该方 ， ; 法可以有效表征蛋白质折叠模式的特性 对蛋白质序列数据实现精确分类 交叉验证和独立测试均证明本文预测准确率超过 70% ， 10 。 比前人工作提高近 个百分 点 : ; ; ; 关键词 集成分类器 蛋白质二级结构 分类 折叠模式 中图分类号: Q523 + ． 8 文献标识码: A 文章编号: 1672 － 5565( 2012) － 01 － 112 － 04 Protein fold pattern recognition based on ensemble classifiers * HU Shi － chang ，JIANG Yi ，LIN Chen ，ZOU Quan ( School of Inf ormation Science and Technology ，Xiamen University ，Xiamen 361005 ，China) Abstract : Protein folding problem is listed as an important issue of 21st century bio － physics and it is a major