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多重连接探针扩增(MLPA)原理与其应用
多重连接探针扩增技术及其应用
深圳市天大生物医疗器械
有限公司
苏海静 副总经理
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MLPA技术简介
主要内容
MLPA技术特点与主要应用领域
MLPA技术工作流程
数据分析(Coffalyser的使用)
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MLPA技术简介
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MLPA:多重连接探针扩增技术
主要应用领域:
多重检测人类基因组序列中微小的拷贝数变异
该技术于2002年首次发表:Schouten JP et al : Nucleic Acids Res. 30:e57。
发表的MLPA技术相关的文章超过一千篇。
每年运行的MLPA测试超过一百万次。
使用MLPA技术的实验室超过一千个并分布于在80个不同的国家。
荷兰MRC公司提供MLPA试剂盒包括了300多种的应用领域:
--人类基因组学
--分子细胞遗传学
--肿瘤诊断学
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多重连接探针扩增技术原理
1. 变性 2 杂交
PCR 上游引物
杂交序列
PCR 下游引物
上下游杂交探针彼此相邻, 由热稳定的连接酶连接。
3. 连接
目标序列 B
X
5’
5’
3’
Y
X
5’
5’
3’
目标序列 A
Y
5’
3’
目标序列 A
目标序列 B
5’
3’
间隔序列 (对于不同探针长短不同)
4. PCR
每种探针的扩增产物都有自己特异的标志性长度(130-480 bp)。
5’
3’
5’
3’
X
Y
5’
3’
X
Y
5’
3’
所有连接产物均由同一对引物进行PCR扩增。
5. 毛细管电泳分析扩增产物
通过与对照DNA标本比较相同片段长度峰高的不同来确定目标序列的对拷贝数变化。
Schouten, J.P. et al. Nucl. Acid Res. 30, e57.
5’
5’
5’
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EcoRV
SphI
XbaI
BsmI
“Stuffer” sequence
PCR primer sequence
(vector: blue plaques)
EcoRV
SphI
XbaI
BsmI
“Stuffer” sequence
PCR primer sequence
(clone: white plaques)
EcoRV
BsmI
人工合成的杂交序列被克隆到来源于M13的SALSA载体上。
每个SALSA 载体都包括了一段不同长度的间隔序列。
通过克隆获得单链 DNA。
将两个短的寡核苷酸序列与单链DNA退火,从而获得带BsmI and EcoRV位点的双链DNA。
Hybridising sequence
经EcoRV and BsmI酶切后, 可以获得85-440 nt长的探针序列.
“Stuffer” sequence
Hybridising sequence
PCR primer sequence
右侧杂交探针的制备
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MLPA 工作原理特点
1、检测对象为和两条MLPA探针完全配对的样品DNA序列;
2、扩增对象是杂交在样品上的两条探针由连接酶进行连接之后的产物;
3、不同基因的连接产物长度不同;
4、多重的连接产物能够被同一对引物扩增;PCR具有高度的同步性;
5、扩增产物(大小一般为130-500nt)用于毛细管电泳分析;
6、基因拷贝数变化直接体现在毛细管电泳结果的峰面积差异;
7、基因点突变体现在扩增峰缺失;
8、
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所需仪器
只需普通PCR仪和一台测序用的毛细管电泳仪。
耗时在24小时以内。
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