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CHAP2 微生物分子遗传学基础 1.3 微生物基因组学与系统生物学： 一门新兴的学科。 系统生物学：基因组核苷酸序列包含着生命活动的几乎所有信息，能帮助生命科学进入一个新的全面的研究细胞活动过程及其相互关系的阶段。这一层次的研究称系统生物学。 “基因组到生命（Genomes??to??Life ，GTL ）”计划：美国能源部于2002年7月正式推出，为期五年、资助强度为1亿美元，其基础是在人类基因组计划和1994年开始实施的美国微生物计划 2. 基因组测序研究概况 第一个被测定具细胞结构的生物是人类病原菌流感嗜血杆菌（1995年） 噬菌体ΦX174的基因组5.3kb（1977） 人类基因组计划中：大肠埃希菌、酵母菌（作为模式生物，为人类基因组研究提供借鉴） 至2006年3月：已测定321个微生物序列（细菌295个，古菌26个）；400个原核微生物基因组测序正在进行中。 3.细菌基因组 3.1 细菌基因组基本特点 3.1.1 长的可译框架（ORF） 从mRNA 5?端起始密码子AUG到3?端终止密码子之间的核苷酸序列，各个三联体密码连续排列编码一个蛋白质多肽链，称为开放阅读框架(open reading frame, ORF)。 3.1.2 高密度基因 细菌、古细菌85%-88%的核苷酸序列与基因的编码直接相关。 3.1.3 简单的基因结构 3.1.4 原核基因组中GC的含量 不同的原核生物基因组的GC含量(GC content)变化很大(25%-75%)测量基因组GC含量被证明是一种识别细菌种类的特别有效的方法。 3.2 大肠埃希菌基因组 K-12 MG1655、O157：H7 Sakai、O157:H7 EDL933测序由美国和日本小组于1977年完成。 E.coli K-12是实验室常用菌株，无致病性； O157：H7亚型大肠杆菌是食源性疾病的最主要病因。美国“毒菠菜”风波 0157：H7亚型大肠杆菌是祸首，能引起出血性肠炎 （2006年） 。 基因组对比分析（表2.1）表明：4.1Mb保守主体序列；特异的基因序列聚集在多个区域，构成“岛”；菌株特有基因，使菌株发生遗传衍变；衍变中噬菌体起了重要作用。 (1) E.coli K-12 MG1655 的基因功能分布 环状基因组，双向复制起点和终点，全部基因可分为20多个功能群（表2.2） (2) E.coli基因组序列的特征 重复序列（表2.3） 转座单元 前噬菌体序列 菌株特异片段 转座子（transponson，Tn）又称转座元，是一种能够进行复制并将一个或多个拷贝插入到新位点的DNA序列单元。它能够插入到细菌染色体的许多位点上。如果插入的位点正在某细菌基因内，该基因的线性连续性遭到破坏，导致基因功能消失而发生突变。 常见的转座子有Tn5、Tn10等用于革兰氏阴性菌，Tn551、Tn917常用于革兰氏阳性菌。 前噬菌体：整合到细菌基因组中的噬菌体DNA 菌株特异片段如K、O、S岛（表2.4），这些片段大部分序列用于编码功能基因，包括毒力决定基因、抗药基因、降解化合物基因 3.3.流感嗜血杆菌基因组 嗜血杆菌，属孤菌科嗜血杆菌属。是一种没有运动力的革兰氏阴性杆菌。它是于1892年由费佛博士在流行性感冒的瘟疫中发现。它一般都是好氧生物，但可以成长为兼性厌氧生物。流感嗜血杆菌最初被误认为是流行性感冒的病因，但直至1933年，当发现流行性感冒的病毒性病原后，才消除了这种误解。 是第一个获得基因组全序列的细胞型生物. 全长约1.8Mb，含6个rRNA操纵子，一个Mu前噬菌体，每个rRNA操纵子结构为： 16S---间区----23S----5S 含有1703个蛋白基因，特异的蛋白有免疫球蛋白酶、糖基转移酶、毒力相关蛋白等。 基因组有2个系统的功能基因：一个是DNA 转化系统，另一个是信号传递系统。 4 古菌基因组 古菌是最古老的生命体，如果将地球约46亿年的年龄比作一年，那么古菌早在3月20日就出现了，而人类诞生不过是12月31日的事。 古菌的分布 古菌常被发现生活于各种极端自然环境下，如大洋底部的高压热溢口、热泉、盐碱湖等。 在我们这个星球上，古菌代表着生命的极限，确定了生物圈的范围。 热网菌（Pyrodictium）能够在高达113℃的温度下生长。 古菌域(Archaea)－广古菌门 盐杆菌纲(Halobacteria) 甲烷杆菌纲(Methanobacteria) 甲烷球菌纲(Methanococci) 甲烷微菌纲(Methanomicrobia) 甲烷火菌纲(Methanopyri) 古球状菌纲(Archaeoglobi) 热原体纲(Thermoplasmata) 热球菌纲(Thermococci)?? 4.1嗜盐菌 这是一