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    第卷第期计算机应用与软件年月对软件并行计算性能的影响分析寇大治左光宏上海超级计算中心上海复旦大学物理系理论生命研究中心上海摘要在分子动力学并行计算的过程中正确地处理好并行规模与方法的任务分配对于提高分子动力学的并行效率具有非常重要的影响以常用的分子动力学软件为例利用上海超级计算中心魔方超级计算平台就不同并行规模与不同任务分配方式下的计算性能进行测试发现并行能在一定的范围内显著的提高的计算效率但是当并行规模超过一定值后计算效率反而下降另一方面当并行规模较小时不设置专属节点的计算效率较高但当并行规模

    第３１卷第１０期　　　 计算机应用与软件 Ｖｏｌ３１Ｎｏ．１０ ２０１４年１０月　　 ＣｏｍｐｕｔｅｒＡｐｐｌｉｃａｔｉｏｎｓａｎｄＳｏｆｔｗａｒｅ Ｏｃｔ．２０１４ ｎＰＭＥ对 ＧＲＯＭＡＣＳ软件并行计算性能的影响分析 １ ２

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