核酸数据库使用说明.PDF

核酸数据库使用说明 1. 高级查询 - 1 - 2. 限定词说明 - 1 - 3. 显示格式说明 - 2 - 3.1. Summary 格式 - 2 - 3.2. FASTA 格式 - 3 - 3.3. GenBank 格式和GenBank （full ）格式 - 4 - 4. 数据下载流程 - 5 - 5. 数据提交 - 5 - 6. 附录 - 5 - 6.1. 基因结构和功能的探索 - 5 - 2009 年9 月18 日 普通核酸数据库中存储了大量公共核酸序列资源，包括含有编码区的 mRNA ，含有一个或 多个基因的基因组DNA 片段以及rRNA 基因簇。数据库中的序列由使用者提交，并且只能 由序列的提交者进行修改。文献的作者对序列和数据库中的说明拥有最终解释权。 1.高级查询 在首页上点击“数据资源”按钮，选择“普通核酸数据库”进入蛋白质数据库主页。在核酸数据 库主页的左侧栏点击“高级检索”，进入如下图的高级检索页面： 核酸数据库的高级检索可以最多使用三个限定词来进行更精确的检索，三个限定词之间可以 用“AND”和“OR”相连接，其中 “AND”表示查询的结果中必须包含它所连接的两个关键词， “OR”表示查询的结果中至少包含它所连接的关键词中的一个。 搜索项在左侧的限定词框中可以选择的限定词包括：CAC 、Comments 、Accession 、 Definition 、Keyword 、Organism、Gene、 Protein、Author 、Title、Journal 、Medline/Pubmed ID 、Molecule 和Sequence Length。其中Molecule 和Sequence Length 可以进行范围查询。 2.限定词说明 核酸数据库中有关的限定词说明如下： 限定词 描述 CAC 国内用户提交的数据编号 Comments 对该序列的简短注释 Accession 核酸数据库的序列或记录唯一的接收编号 描述了序列的生物特性，一般包括生物体，产品名称，基因标志， Definition 分子类型和是否为完成片段 - 1 - Keyword 与其它数据库专用词汇有关的索引名词 Organism 与蛋白质或核酸序列有关的物种的学名和通用名 Gene 基因的普通名称和标准名称 Protein Name 蛋白质的标准名称 Author 所有参考信息中的作者名 描述了序列的生物特性，一般包括生物体，产品名称，基因标志， Title 分子类型和是否为完成片段 Journal 发表数据的杂志名称 Medline/Pubmed Medline 的唯一编号或Pubmed 编号 ID Molecule Type 包括4 中类型：Nucleotide, CoreNucleotide, EST and GSS. Sequence Length 序列长度 3.显示格式说明 核酸数据库的搜索结果显示有Summary、FASTA 、GenBank 和GenBank （full ）四种格式， 利用搜索结果页面上的“显示”按钮可以在这四种格式之间相互切换。 3.1. Summary 格式 如上图所示，Summary 格式显示信息包括两部分信息： 1）核酸序列的CAC 号。如“CNUS0000000001”等。 2 ）对序列的简单描述信息：序列来源物种、基因名/ 蛋白质名或者序列的生物功能。如 - 2 - “Schistosoma japonicum strain Anhui(wildtype) SJC_C000001, whole