RxnFinder 生物合成设计技术示范报告香兰素细胞工厂创建初步设计 .PDF

RxnFinder 生物合成设计技术示范报告 香兰素细胞工厂创建初步设计报告 数天时间即可完成一个化学品、天然产物等的生物合成现状、新反应、新酶、 新途径、新菌株设计，每个环节还可进一步细化优化分析。 本报告包含如下的内容目录： 1. 给定生物合成目标化合物的生物合成现状 2. 查询目标化合物包含的重要分子片段的生物合成现状 3. 设计从葡萄糖到目标化合物的合成途径 4. 根据反应规则拆分目标化合物设计新反应 5. 发现酶来催化设计的反应步骤 6. 全细胞网络模型的构建与优化 1.给定生物合成目标化合物的生物合成现状 输入信息：vanillin (分子名称) RxnFinder 软件功能模块：RxnFinder 名称Keywords 搜索 查询结果：该化合物参与了20 个生化反应，下面列出部分反应 2.查询目标化合物包含的重要分子片段的生物合成现状 输入信息：C(=O)c1ccc(O)c(O)c1 （分子片段结构） RxnFinder 软件功能模块：RxnFinder 分子骨架Fragment 搜索 查询结果：187 个反应含有该输入的分子片段 反应例子 3.设计从葡萄糖到目标化合物的合成途径 输入信息：葡萄糖和目标化合物 RxnFinder 软件功能模块：RxnFinder 途径搜索Router 输出结果： 21 条需要生物合成途径 （下面给出1 条，每个 反应步骤都有有关的实验文献支撑！） 4.根据反应规则拆分目标化合物设计新反应 输入信息：C(=O)c1ccc(O)c(O)c1COc1cc(C=O)ccc1O （最简单 的输入信息（给出底物和产物），仅供参考。温馨提示：把整个反 应式写全得到的结果更好！这个功能强烈需要专家生物背景知识 的信息！） RxnFinder 软件功能模块：RxnFinder 新反应搜索RxnSim 输出结果：50 条相似的生物合成反应 （下面给出前面10 条 的名称，每个反应步骤都有有关的实验文献支撑！）这些反应 对应的主要是羟基上面的甲基化反应。假如是一个完整的反 应，会得到的结果更好，在此只给出最简单快捷的方法，详 细完整的信息，请咨询service@。 5.发现酶来催化设计的反应步骤 输入信息：C(=O)c1ccc(O)c(O)c1COc1cc(C=O)ccc1O （最简单 的输入信息（给出底物和产物），仅供参考。温馨提示：把整个反 应式写全得到的结果更好！这个功能强烈需要专家生物背景知识 的信息！） RxnFinder 软件 功能模块：RxnFinder 新酶 发现工具 ECAssignment (ECer,ECDiversity) 输出结果：排名前面50 条的反应对应的酶。因为计算参数 中输入的是一个底物和一个生成物，给出的不是完整反应， 因而计算得到的近似反应的相似性都不是很高 （这个例子最 高的只有0.596），一般相似性在0.8 以上较好。假如是一个 完整的反应，会得到的结果更好，在此只给出最简单快捷的 方法，详细完整的信息，请咨询service@。 UniProtKB Enzyme Link: UniProtKB 2.1.1.- BRENDA Enzyme Link: BRENDA 2.1.1.- KEGG Enzyme Link: KEGG2.1.1.- BioCyc Enzyme Link: BioCyc 2.1.1.- ExPASy Enzyme Link: ExPASy2.1.1.- EC2PDB Enzyme Link: EC2PDB 2.1.1.- ExplorEnz Enzyme Link: ExplorEnz 2.1.1.- PRIAM enzyme-specific profiles Enzyme Link: PRIAM 2.1.1.- IntEnz Enzyme Link: IntEnz 2.1.1.- MEDLINE Enzyme Link: MEDLINE 2.1.1.- 6. 全细胞网络模型的构建与优化 输入信息： RxnFinder 软件功能模块：RxnFinder 菌株设计功能EcoSynther 输出结果： 23 条基于代谢网络优化的外源途径 给出的其中一条外源途径：