关于RNA聚合酶Ⅱ核心启动子的概述.doc

《分子生物学》作业 姓名： 班级： 学号： 日期：2013年12月21日 关于RNA聚合酶Ⅱ核心启动子的概述 Perspectives On The RNA Polymerase II Core Promoter Biochemical Society Transactions, 2006, 34(Pt 6): 1047-1050. 摘要： RNA聚合酶Ⅱ核心启动子是一个在转录过程中关键的但又容易被忽略的元件。核心启动子被定义为DNA的延伸，它涵盖了RNA的起始位点，典型的核心启动子大约有40到50核苷酸的长度，它指导基因转录的起始。在过去，人们推测核心启动子在功能上是通用的，转录起始是通过一种共享通用的机制进行的。最近的研究表明，各种核心启动子在结构和功能上都存在相当多的差异。存在大量的DNA元件作用于核心启动子的活性，给定核心启动子的特定性能是由这些核心启动子修饰因子的有无决定的。已知的核心启动子元件包括TATA盒子、Inr（起始子）、BREu｛ATA盒子的上游的BRE [TFⅡB（RNAⅡ聚合酶的转录因子）识别元件]｝和BREd（TATA盒子下游的BRE）、MTE（十基序元件）、DCE（下游核心元件）和DPE（下游核心启动子元件）。在这这篇文章中，我们将要提供一些关于RNA聚合酶Ⅱ核心启动子的当前的和未来的问题的概述。 前言： 核心启动子是转录的入口 许多生物学现象取决于合适的转录调控。在真核生物中，在已知的核酸RNA聚合酶中，RNA聚合酶Ⅱ对编码蛋白质的基因的转录的贡献最大。在这个过程中最重要的步骤是是否决定起始转录。包括一些作用因子在内的许多复合事件引导转录起始。然而，是否开始基因转录最终决定于核心启动子。因此，在一些方面，核心启动子是转录过程的入口。 集中式与分散式转录起始 聚合酶Ⅱ的核心启动子通常被定义为引导转录起始的DNA延伸。这个定义可能看似简单。在实践中，尤其是在脊椎动物中，两种不同的转录起始策略已经被观察到。首先是集中式转录，它的转录起始发生在单核苷酸或几个核苷酸的一个狭窄的区域内。集中转录发生核心启动子，它包含TATA盒子、Inr（起始子）和PDB（下游核心启动子元件）等序列基元。值得注意的是,这些核心启动子基序位于相对于+ 1开始的不同位置。第二种是分散的转录，它发生在多个弱的启动位点上，这些位点广泛分布在大约50到150个核苷酸残基的范围里。典型的分散式转录发生在CpG岛上，CpG岛是富含GC的DNA延伸（典型的长度是0.5k到2k个碱基对），它通常和看家基因有关。分散式转录的起始可能取决于多个弱的核心启动子的存在。尽管我们估计大约三分之一的人类启动子都包含CpG岛，但分散式转录的机制还有待研究。 在本文的其余部分,我们将描述集中式转录起始的研究，集中式转录远比分散式转录研究得彻底。在简单的有机体，如果蝇和酵母，转录主要通过集中式起始来发生的。然而，在未来，弄懂用于分散式起始转录的因素和机制是非常重要的。 结果： 通用/基础的转录因子 纯化的RNA聚合酶Ⅱ本身没有能力识别和精确起始转录。聚合酶需要额外的辅助因子，它们通常被称为GTFs（通用转录因子）或“基础转录因子”，以起始转录（对于综述，见[5]）。介导TATA依赖的转录的GTFs已被纯化和鉴定。这些因子被称为TFIIA（RNA聚合酶Ⅱ的转录因子A）、TFIIB、TFIID、TFIIE、TFIIF和TFIIH。TFⅡD是一种多亚基蛋白复合物，它包含TBP（TATA盒子结合蛋白）和超过10个TAF（TBP相关因子）。TBP和TAP一样都涉及核心启动子的识别。TFⅡB也和核心启动子上的著名基序BREs（TFⅡB识别元件）相互作用。值得注意的是，通用转录因子并不是在所有的核心启动子上都起作用。例如，基于TATA盒子的GTFs不会介导从DPE依赖的核心启动子开始的转录。通用的基础转录因子很可能是不存在的。 核心启动子 一个典型的核心启动子包含RNA起始位点并扩展到相对于+1位置的上下游的大约35个核苷酸残基的区域。所以核心启动子通常大约有40到50个核苷酸长度，尽管有时候它们有70到80个核苷酸的长度。核心启动子的活性是由招募像THⅡD和THⅡB的GTFs的序列基序的有无赋予的。这些核心启动子基序定位在相对+1转录起始位点的特定位点，如图1所示。 最先发现和最知名的核心启动子元件是TATA盒子，它是在果蝇组蛋白基因测序的过程中发现的[7]。Inr基序是在比较包含启动子位点的序列时确定的[8]，然后它在功能上被定义为一种分散式的核心启动子元件[9]。在分析纯化的TPⅡD和缺少TATA的基因结合的过程中，PDE被发现[10、11]。MTE（十基序元件）实在一项计算和功能分析的组合研究中被发现的[12、13]。另外，DCE（下