靛玉红类CDK1抑制剂的同源模建、分子对接及3D - Ingenta Connect.PDF

物理化学学报(Wuli Huaxue Xuebao) February Acta Phys. -Chim. Sin. 2014, 30 (2), 371-381 371 [Article] doi: 10.3866/PKU.WHXB201312192 靛玉红类CDK1 抑制剂的同源模建、分子对接及3D-QSAR研究 张青青1 姚其正1,* 张生平1 毕乐明1 周之光1 张 骥2,* 1 2 ( 中国药科大学药学院, 南京210009; 中国药科大学物理化学教研室, 南京210009) 摘要: 细胞周期蛋白依赖性激酶1 的异常表达会导致G2 期的停滞及多种肿瘤的发生, 故CDK1近年来已成为 一个理想的治疗靶点. 本文以细胞分裂调控蛋白2 的同源体为模板, 同源模建了CDK1 的结构, 并与靛玉红类 小分子抑制剂进行分子对接. 分别运用三种叠合方法进行分子叠合, 并在此基础上采用Sybyl 7.1 中的比较分 子场分析(CoMFA)模块及Discovery Studio 3.0 中的三维定量构效关系(3D-QSAR)模块( 以下简称为DS)分别 建立了3D-QSAR 模型. 其中, 将分子对接叠合与公共骨架叠合联合运用的叠合方法所得3D-QSAR 模型的评 2 2 2 2 2 2 2 价参数是最佳的(CoMFA: q =0.681, r =0.909, rpred. =0.836; DS: q =0.579, r =0.971, rpred. =0.795, 其中q 为交叉 2 验证系数, r 为非交叉验证系数). 本文的研究结果在对靛玉红类小分子进行结构修饰设计出新的CDK1抑制剂 方面, 可提供重要的理论基础. 关键词: 细胞周期蛋白依赖性激酶1; 靛玉红; 3D-QSAR; 比较分子场分析; 同源模建 中图分类号: O641 Homology Modeling, Molecular Docking, and 3D-QSAR of Indirubin Analogues as CDK1 Inhibitors ZHANG Qing-Qing1 YAO Qi-Zheng1,* ZHANG Sheng-Ping1 BI Le-Ming1 ZHOU Zhi-Guang1 ZHANG Ji2,* 1 ( School of Pharmacy, China Pharmaceutical University, Nanjing 210009, P. R. China; 2Department of Physical Chemistry, China Ph