Rocks Cluster 作业提交方法.PDF

Rocks Cluster 作业提交方法 2009 年9 月 liu_zhiyuan@ 一 相关linux命令解析2 二 Xmanager Xshell下字体颜色说明3 三 Rocks Cluster作业提交步骤步骤：4 3.1 SSH远程连接Rocks Cluster 4 3.2 编写作业脚本6 3.3 提交查看作业6 四 示例脚本位置7 一 相关linux命令解析 Rocks Cluster 用户在通过Xmanager Xshell 工具进行作业提交时大致会用到如下linux 命令，以供参考： 作业提交linux 常用命令  ls 命令 作用：查看所选目录下有哪些文件以及列出当前目录中子目录的清单的命令。 用法：直接在属主目录下执行ls 即可。  ll 命令 作用：查看所选目录下有哪些文件以及这些目录文件的属性。 用法：直接在属主目录下执行ll 即可。  cd 命令 作用：进入目录。 用法：cd 目录名称。  vi 命令 作用：编辑文件，或者创建一个文件。（在本文当中作用是用于创建作业提交脚本文件） 用法：vi 文件名，插入字符输入i，保存时先按Esc 键，然后按shit+: 再按wq! Linux 命令使用方法查询 如果大家在使用过程中，需要其它linux 命令，可以查阅下面的网址，有详细说明。 /special/linuxcom/ 二 Xmanager Xshell下字体颜色说明 通过Xmanager Xshell 远程登陆Rocks Cluster ，为了更好更好得区分文本文件，文件夹， 可执行文件，Xmanager 使用了不同的颜色加以区分。 字体颜色说明：在 Xmanager 窗体里，文本文件显示为白色，文件夹显示为蓝色，可执 行文件显示为绿色。 如下图所示，文本文件有test.txt ，文件夹有bio、blast、gromacs、mpiblast、namd、test 。 三 Rocks Cluster作业提交步骤步骤： 说明：以下所有截图均已普通用户 liuzhy 为例，提交的作业为blast 。通过脚本形式提交作 业总共分为三步，具体步骤如下所示： 3.1 SSH远程连接Rocks Cluster 普通用户通过脚本形式提交作业，首先需要安装Xmanager ，然后通过Xmanager Xshell 登陆Rocks Cluster ，打开Xmanager Xshell ，如下图所示： 然后点击窗体左下角的Open 按键，新建一个Session，填写方法如下所示： 根据提示正确填写  Name:Session 名称，这里可以随意命名  Host:被登录机器IP  User Name:登陆用户名（以在邹老师那申请的用户名为准）  Password:初始密码 111111，密码更改后，以更改后的密码为准 点击确定，登陆集群 3.2 编写作业脚本 编写.ncbirc 文件 在写blast 作业脚本之前，需要写一个.ncbirc 文件，该文件作用主要是指定一些ncbi 的 data 和db 路径。 登陆后，执行vi .ncbirc 输入下列内容： [NCBI] Data=/opt/Bio/ncbi/data/ [mpiBLAST] Shared=/disk1/liuzhy/bio/ncbi/db Local=/opt/Bio/ncbi/db/ 说明，上述方框中内容除了红色部分各个用户不一致外，其他部分都一样，不用改动。 红色部分具体怎么填写，需要用户登录后，执行pwd 命令，将命令执行的结果 替换上述方框中的红色部分即可。 编写作业提交脚本 在写好.ncbirc 后，执行vi blast.sge 输入下列内容 说明，上述脚本中蓝色部分为必须填写内容，需要更改的地方时-d 和-i 部分（红线标 示部分），根据自己的情况进行更改。 3.3 提交查看作业 提交作业 执行qs