菌和真核生物有共同祖先.PPT

微生物分類學及系統發育 大綱 19.1 一般介紹和概況 19.2 微生物的進化和多樣性 19.3 分類等級 19.4 分類系統 19.5 分類學中使用之主要特性 19.6 微生物系統發育的評估 19.7 生命的主要劃分 19.8 伯杰氏系統細菌學手冊 19.9 原核系統發育和多樣調查 一般介紹和概況 GENERAL INTRODUCTION AND OVERVIEW 分類學Taxonomy(希臘語taxis安排或順序; nomos法則或nemein分類或治理)：定義為生物分類的科學 包含分類、命名和鑑定 分類學的重要性 讓人們整理有關生物大量的知識，分類愈精細，系統信息愈豐富和愈有用 對相似生物的知識，對進一步研究推測和假設 將微生物給予精確命名、分成有意義和有用之類群 對微生物精確鑑定是必要的 系統學systematics (系統分類學) 以分析生物特徵並按順序排列為最終目的的科學研究 任何生物特性的研究是系統學的一部分 涵蓋了形態學、生態學、流行病學、生物化學、分 子生物學和生理學 微生物分類使用新的分子技術 也介紹許多傳統方法 主要以伯杰氏系統細菌學手冊Bergey‘s Manual of Systematic Bacteriology，簡稱BMSB 以16S rRNA 基因序列比對為基礎建構系統，做成分類層級，並把原核生物分為古生物域和細菌域，兩域分別包含2門和 23 門 微生物的演化和多樣性 MICROBIAL EVOLUTION AND DIVERSITY 地球年齡估計約有46億年 疊層石 (stromatolites)和沉積岩中之化石遺骸發現原核細胞約有35至38億年 微生物化石清晰地在20億年之岩石上 現代疊層石由藍細菌所形成 最早原核生物可能是厭氧性 藍細菌和產氧之光合作用菌大概在25-30億年或更早 隨著氧變得較豐富，微生物多樣性大大增加 1977 Carl Woese等學者對原核生物細胞rRNA 序列研究後提出 原核生物應分為兩個類：群細菌、古細菌 真核生物 這三個基本類群稱為『域』domains，在門和界水準之上 真核生物有甘油脂二酯膜脂glycerol fatty acy diesters 細菌生物有diacyl glycerol diesters 古細菌diether or diglycerol tetraether lipid (醚鍵) 現代真核生物細胞起源於14億年前的原核生物(有些化學數據證明在27億年前)，兩個假說 核、粒線體 和葉綠體是由原生質膜內陷形成包含遺傳物質的雙層膜結構形成的 葉綠體，粒線體和現代細菌之間的相似性源自於原核生物保留性的胞器緩慢的改變 內共生假說(endosymbiotic hypothesis) 真核細胞祖先可能由古代的細菌和古生菌融合而形成 失去了細胞壁之G(-)宿主細胞吞了古生細菌形成共生 古生菌喪失了它的細胞壁和原生質膜 宿主細菌形成膜折疊，宿主基因體轉移至古生菌中，形成核和內生網狀 在形成真核生物基因體時，細菌和古生菌基因可能皆喪失 很多人認為古生菌和真核生物比親緣關係更近，認為真核生物直接從古生菌分化而來 葉綠體的可能源自光合細菌 藍細菌是葉綠體最可能的祖先 粒線體來源於原始真核生物和好氧呼吸真細菌的共生 可能祖先：農桿菌屬、根瘤菌屬和立克次氏體屬 內共生的證據 藍細菌定居在雙生鞭毛原生生物，作為寄主葉綠體 內共生體稱為藍色小體 與藍細菌在光合作用色素系統和存有類似肽聚糖層的構造 缺少脂多糖外層膜特徵 進化成葉綠體 分類等級TAXONOMIC RANKS 種、屬、科、目、綱 和門 每個水平或等級的微生物類群的命名都有特定字尾特徵 常使用非正式的名稱：如紫細菌、螺旋體、甲烷氧化菌、硫酸還原菌和乳酸菌 微生物分類中基本分類類群是種species 與高等生物研究的分類學家定義種的概念不同 高等生物的種是一群彼此雜交能繁殖或潛在的雜種繁殖的自然群體，對能有性生殖的生物是很好的定義 但對不是有性繁殖的微生物則不宜 原核生物的種是根據表型和基因型的不同而定義 原核生物的種是菌株的一個集合，這些菌株有許多共同穩定特徵而與他類菌株有顯著的區別 此定義非常主 觀 更精確的定義。一個種(基因型種)是有相似G +C組成和有70%或以上之DNA雜交實驗判定之集合 由於基因體序列之數據增加，種或許可以定義為具有相同序列 種可能是生物其主要管家基因housekeeping gene(所有細胞皆需之基因，其通常持續表達)具有相同序列之集合 菌株(strain) 在一個特定分類學中至少與其他一些群體可以區別之生物群體，來自單一生物或純培養物的分離株 一個種內其菌株間在許多方面上可能有小差異 變種(biovars) 是生化或生理上有差異之各色各樣的原核菌株 形態變