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中華大學生物資訊學系系統開發專題報告 酵母菌糖解作用週期律動之模擬 Simulation of glycolytic oscillation in yeast 專題組員 :陳炬昀 、陳昱陞 、蘇振沂 、簡銘賢 專題編號： PROJ2009-BIOINFO-9514 指導老師黃俊燕: 老師 包含葡萄糖進入酵母菌再藉由 一、摘要 HK-PFK 利用系統生物相關軟體 (hexokinase-phosphofrucktokinase )的 CellDesigner畫出酵母菌糖代謝路徑， 幫忙消耗 2 個 ATP 轉變成 葡萄糖從細胞膜進入酵母菌細胞內一 1.6-fruc-PP ，再經由 ALD(Aldolase)作 連串的生化反應，直到乙醛轉換成乙 用下成為 triose-P(dihydroxyacetone 醇或釋出細胞 。進行的每一步代謝， phosphate,glyceraldehyde-3-phosphate) 都由某一種酵素負責催化，科學家依 ，triose-P 消耗 NADH 產生甘油 據酵素動力學和糖解作用的模組計算 (glycerol) 。1.3-PP-glycerate 不但接受 出每個路徑所代表的公式，實驗的數 GAPDH(glyceraldehyde-3-phosphate + + 值形成一個有週期性的震盪。由於週 dehydrogenase)將H轉移給 NAD 形成 期性的震盪跟乙醛的衰變有關係，我 NADH ，也提供磷酸根給ADP 形成 們發現當乙醛的衰變小於葡萄糖的累 ATP ，再由 PGK(phosphoglycerate 積 ，糖解反應呈現穩定態。藉由簡單 kinase)的 作用轉變為 3-P-glycerate 。 明瞭的酵母菌細胞糖解作用模組 ，可 PK(phosphoglyceromutase)囊括了酸甘 以做為未來更進一步了解細胞週期性 油變位酶 (phosphoglyceromutase) 、烯醇 生理現象行為的探討。 酶 (enolase) 、 烯 醇 化 酶 (pyruvatekinase) ，3-P-glycerate受到 PK 二、簡介 的幫助而形成丙酮酸 (pyruvate) 。丙酮 酵母菌密度高的條件之下 ，酵母 酸藉由 PDC 催化 丙酮酸脫羧酶 菌之間的代謝物濃度會影響糖解作用 (pyruvate decarboxylase) 形成乙醛 產生震盪，酵母菌在生長階段會過度 (acetaldehyde) 。乙醛經過降解後形成的 使用葡萄糖與 生成乙醇，當葡萄糖消 氰化物 (cyanide)稱作 CYA 。乙醛藉由 耗殆盡，等酵母菌停止生長之後，震 ADH 乙 醇 脫 氫 酶 (alcohol 盪現象會停止成為穩定態，之後再給 dehydrogenase) 構成最終產物乙醇 予氰化物(cyanide)與葡萄糖，動態震盪 (ethan