全基因序列的克隆和序列分析.PDFVIP

维普资讯 一 23一 中国动物检疫 2008年第 25卷第 3期 文章编号：1005-944X(2008)03-0023-03 广西一株流行猪瘟毒株 全基因序列的克隆和序列分析 郑加宾 ’萄· 张 志 吴发兴 张燕霞 2) 朱小甫 3) 单 虎 ’)李晓成 2)★ (1青岛农业大学，青岛，266109；2中国动物卫生与流行病学中心，青岛，266032；3瑞普 (保定)生物药业有限公司， 保定 ，071000) 摘 要：本实验参照已发表的猪瘟病毒(CSFV)石门株 、HCLV株、Paderborn株、GXWZ02株等的基因组序列设 计合成了 11对引物 。通过 R．T—PCR方法从广西一株流行猪瘟病料中直接扩增得到 了11个片段 。将所得片段克隆 至PGEM-Teasy栽体上 经过测序、拼接 ．最终得到广西猪瘟 GX54基因组全序列。序列分析表 明．GX54基因组全 长 12296个碱基。与国内外已发表的10株猪瘟病毒系列进行同源性分析 。结果表明．与各株核苷酸同源性分别为 85．1％、85．0％、85．1％、84．7％、84．8％、94．4％、843％、943％、84．8％、84．5％。系统发育树分析发现 ．所比较的 11个毒株可 以 分为2群，1群 包括 GX54，GXWZ02和PaderboEn株，其余毒株属于2群，其 中GX54株与GXWZ02株关系最近。 关键词 ：猪瘟 ：基 因组序列 ：同源性分析 ：GX54株 GenomeClone and AnalysisofaFiled strain ofClassicalSwineFeverVirusin Guangxi ZHENG Jia-bin- ZHANG Zhi WU Fa—xin~) ZHANG Yan—xia2 ZHU Xiao—fu) SHAN Hu) LI Xiao—cheng2) (1．QingdaoAgriculturalUniversity，Qingdao266109，China2．ChinaAnimalHealthandEpidemiologyCenter，Qing— dao266032,China；3．Ringpu(Baoding)BiologicalPharmaceuticalCo．Ltd071000，China) Abstract：Accordingtothe published CSFV genome sequences，were designed and synthesized 11pairsofprimers tO amplify special bandsofwild CSFV strain GX54 from Guangxiprovince．The complete genomicofthisCSFV stain consistsof 12296bp by cloningand sequence．Homlogyanalysisbetween GX54 andother 10 strain showed ， nucleotidehomologywere 85．1％、85．0％ 、85．1％、84．7％ 、84．8％、94．4％ 、84．3％、94．3％ 、84．8％ 、84．5％．Phylogyenetic tree analysisshowed htat 11strainsweredivided into 2 groups．GX54 and GXWZ02 were in the highestgeneticrela— tionship一 Keywords：Classical swinefevervirus；genosomesequence；homologyanalysis；GX54 strain 结果。另外．应用本方法可进行定量 验室结果[81。因此．本研究选用 invA MUCAP试剂快速检测沙 门氏菌Ⅲ．微 检测。同时由于采用双重反应．减少 和 RFBE基因为沙 门氏菌和大肠杆 生物学报 ，1996．36(1)：58—63． 了试剂用量和试验工作量．节省了检 菌 O H 的靶基因设计 引物探针 ， 3『1陈庆森，冯永强，黄宝华．食品中致 测成本。本